Cyanobakterier er opkaldt efter ordet 'cyan', der betyder en 'turkisblå' farve. Derfor kaldes de også som blågrønne alger. Cyanobakterier er prokaryotiske organismer, hvor grønne alger er eukaryote organismer. Cyanobakterier kan fotosynteses, hvilket betyder, at de har evnen til at fremstille deres egen mad ved hjælp af sollys. Cyanobakterier sammenlignet med grønne alger er potentielt farlige for de vandlevende organismeres økologiske miljø. Dette skyldes, at de frigiver visse toksiner, der er skadelige for andre planter, insekter, snegle osv. De er også giftige for andre alger, der spiser mikroorganismer kaldet zooloplankton og fisk. Grønalger tilvejebringer på den anden side en fødekilde for dyreplankton at vokse og blomstre.
Alger er små encellede organismer, hvorimod cyanobakterier er multicellulære organismer og større i størrelse. Alger, der er en eukaryot, har en kerne, mitokondrier og en chloroplast i hver celle. De har også et øje, som de detekterer og identificerer lyskilde og fanger lys for at producere energi. Denne proces kaldes som fotosyntese. Cyanobakterier mangler en kerne og mitokondrier. De udfører fotosyntese ved at bruge vand som en kilde til elektron og skaber ilt.
Grønne alger findes i søer, hav og ferskvandsforekomster. Nogle vokser endda i jord og lever i træstammer. Den samlede population af grønalger vurderes at være mere end 500 slægter og 8500 arter. Cyanobakterier findes næsten overalt, herunder akvatiske levesteder som søer, damme, til jordområder som sand, bare klipper og fugtig jord. De blomstrer i ekstremt høje temperaturer, så høje som 60 grader celsius og lavt vand. Den samlede art af cyanobakterier inkluderer 150 slægter og ca. 2500 arter over hele verden.
Grønne alger kan reproduceres såvel seksuelt som aseksuelt. Cyanobakterier gengiver aseksuelt med processen med binær fission, fragmentering eller sporeproduktion. De har ikke flagella og mangler derfor mobilitet.
Grønalger har en næringsværdi svarende til de fleste af de grønne planter. De er en rig kilde til vitaminer og mineraler. De er medicinsk blevet bevist som et nødvendigt kosttilskud. De har også et højt indhold af rige fedtsyrer. De har for nylig vist sig at være gavnlige som biologiske brændstoffer; de er imidlertid ikke kommet i brug kommercielt på grund af deres økonomiske tilgængelighed og gennemførlighed.
Cyanobakterier er både giftige og terapeutiske afhængigt af underarten. De kan producere visse neurotoksiner eller cytotoksiner. Dette kan forårsage potentiel skade på menneskelige, akvatiske og dyrebare kilder. Cyanobakterierne producerer en stor mængde toksin i somrene, når temperaturen i søen eller dammen stiger, og dette favoriserer maksimal udvikling af disse bakterier. Visse cyanobakterier, såsom spirulina, er fordelagtige og fungerer som en stor kilde til proteiner, aminosyrer, vitaminer og antioxidanter. De har også en høj værdi inden for antiviral terapi, især i herpes og HIV.
Både grønne alger og cyanobakterier er udviklet fra alger. Baseret på deres struktur er de opdelt i prokaryocyt (cyanobakterier) og eukaryocyt (grønalger). Grønalger er symbiotiske, hvilket betyder, at de kan producere lav symbiotisk (lever i harmoni) med svampe. De er en kilde til fødevarer for de akvatiske mikroorganismer, hvorimod cyanobakterierne viser sig at være nyttige eller skadelige baseret på underarten. Cyanobakterier er blågrønne bakterier og kan ikke udføre fotosyntese, som grønne alger kan.