Forskellen mellem BLAST og FastA

Det vigtigste forskel mellem BLAST og FastA er det BLAST er et grundlæggende justeringsværktøj, der er tilgængeligt på webstedet National Center for Biotechnology Information, mens FastA er et lighedssøgningsværktøj, der findes på European Bioinformatics Institute websted.

BLAST og FastA er to software, der er vidt brugt til at sammenligne biologiske sekvenser af DNA, aminosyrer, proteiner og nukleotider af forskellige arter og se efter deres ligheder. Disse algoritmer blev skrevet under hensyntagen til hastigheden. Fordi forskere var i stand til at isolere DNA i laboratoriet i midten af ​​1980'erne, rejste det et behov for at sammenligne og finde identiske gener til yderligere forskning i høj hastighed. Derfor blev disse to software udviklet på en måde, som brugeren kan foretage en hurtig søgning af lignende sekvenser med dem i deres forespørgselssekvenser.

BLAST er et forkortelse for Grundlæggende lokalt justeringssøgeværktøj og bruger den lokaliserede tilgang til sammenligning af de to sekvenser. FastA er en software, der henviser til Fast A, hvor A står for Alle. Her fungerer softwaren med alfabeter som Fast A til DNA-sekventering og Fast P for protein. Både BLAST og FastA er meget hurtige i at sammenligne enhver genomdatabase og er derfor meget levedygtige monetært såvel som ved at spare tid.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er BLAST
3. Hvad er FastA
4. Ligheder mellem BLAST og FastA
5. Sammenligning side ved side - BLAST vs FastA i tabelform
6. Resume

Hvad er BLAST?

BLAST er en af ​​de mest anvendte software til bioinformatik, der blev udviklet i 1990. Siden er den tilgængelig for alle på NCBI-stedet. Desuden kan enhver person få adgang til denne software og bruge den. Derudover er BLAST en software, der har brug for inputdata eller sekvenser i FastA-format. Men det giver outputdata i almindelig tekst-, HTML- eller XML-format. BLAST arbejder ud fra et princip om at søge efter lokaliserede ligheder mellem to sekvenser og kort liste de lignende sekvenser, og derefter søger den efter kvarterets ligheder.

Figur 01: BLAST-resultater

Således søger denne software efter et stort antal lignende lokale regioner og giver resultatet ved at nå en tærskelværdi. Imidlertid adskiller denne proces sig fra den tidligere software, der først søger i hele sekvensen og derefter gør sammenligningen, og derfor tog meget tid.

Bortset fra ovennævnte lighedskontrol har BLAST mange andre anvendelser såsom DNA-kortlægning, sammenligning af to identiske gener i forskellige arter, skabelse af et fylogenetisk træ osv..

Hvad er FastA?

FastA er en proteinsekvensjusteringssoftware. David J. Lipman og William R. Pearson beskrev denne software i 1985. Selvom den oprindelige brug af denne software kun var at sammenligne proteinsekvenserne, var den modificerede version af den også i stand til at sammenligne DNA-sekvenser. Her bruger denne software princippet om at finde ligheden mellem to sekvenser statistisk. Det matcher en sekvens af DNA'et eller proteinet med en anden sekvens ved lokal sekvensindretningsmetode.

Figur 02: FastA

Imidlertid søger den efter lokale regioner for lighed, men ikke den bedste match mellem to sekvenser. Da denne software til tider sammenligner lokaliserede ligheder, kan den også komme med uoverensstemmelser. I en sekvens tager FastA en lille del kendt som k-tuples, hvor tuplerne kan være fra 1 til 6 og matcher med k-tuples i den anden sekvens. Ved afslutningen af ​​matchningsprocessen, når den når en tærskelværdi, producerer den resultatet.

Hvad er ligheden mellem BLAST og FastA?

• BLAST og FastA er bioinformatikværktøjer, der bruges til at sammenligne protein- og DNA-sekvenser for ligheder.
• Begge programmer bruger også en scoringsstrategi til at foretage sammenligninger mellem sekvenserne.
• Desuden giver begge værktøjer meget nøjagtige resultater.

Hvad er forskellen mellem BLAST og FastA?

BLAST er et værktøj til at kontrollere ligheden mellem biologiske sekvenser. På den anden side er FastA et andet program, der letter lighedskontrol af protein- og DNA-sekvenser. I sammenligning med FastA er BLAST-software imidlertid meget populær, da det giver mere nøjagtige og hurtige resultater. Derfor er dette forskellen mellem BLAST og FastA. I modsætning til FastA kan BLAST-programmet endvidere ændres i henhold til brugernes behov. Derfor er dette en anden forskel mellem BLAST og FastA.

Nedenstående infografisk forskel mellem BLAST og FastA giver flere detaljer.

Resume - BLAST vs FastA

BLAST og FastA er to programmer, der giver brugeren mulighed for at sammenligne hans forespørgselssekvens med sekvenserne i de eksisterende databaser og kontrollere lighederne. Det oprindelige formål med FastA var kun at sammenligne proteinsekvenser. Men den ændrede version af denne software letter både protein- og DNA-sekvenssammenligning. Selvom FastA er god software, bruger de fleste BLAST-justeringsværktøj, da det er mere populært og giver mere nøjagtige og hurtige resultater end FastA. BLAST-værktøjet kan også ændres i henhold til brugerens krav. Kort sagt, dette opsummerer forskellen mellem BLAST og FastA.

Reference:

1.Madden, Thomas. “BLAST Sequence Analysis Tool.” Aktuelle neurologi- og neurovidenskapsrapporter., U.S. National Library of Medicine, 15. mar. 2013. Tilgængelig her 

Billede høflighed:

1. ”CCDC132 Blast Results” Af NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) via Commons Wikimedia  
2. ”FAM149A Promoter region (FASTA-format)” Af LarsonGCD - Eget arbejde, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia