Forskellen mellem Exome og Transcriptome

Nøgleforskel - Exome vs Transcriptome
 

Et gen indeholder kodende og ikke-kodende regioner inden i det. Kodningssekvenser er kendt som exoner, og ikke-kodende sekvenser er kendt som introner. Nukleotidsekvensen af ​​exens af et gen repræsenterer genetens genetiske kode til syntese af det specifikke protein. Derfor forbliver eksoner i mRNA-molekylet. Genomets samlede eksonregion kaldes exom, og det er en vigtig del af genomet. Genens genetiske kode omdannes til den genetiske kode for mRNA-molekylet, som er nødvendigt til produktion af protein. Hele mRNA-molekyler transkriberet i en celle eller en cellepopulation ad gangen er kendt som et transkriptom. Den vigtigste forskel mellem exome og transcriptome er den exome repræsenterer sekvenserne af genomets eksonregioner mens transkriptom repræsenterer det totale mRNA af en celle eller et væv på et givet tidspunkt.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er Exome
3. Hvad er transkriptom
4. Sammenligning side ved side - Exome vs Transcriptome
5. Resume

Hvad er Exome?

Gener er sammensat af eksoner, introner og regulatoriske sekvenser. Eksoner er genregionerne, der transkriberes til mRNA-sekvens under transkriptionen. Introner og andre ikke-kodende regioner fjernes under transkriptionen. Nukleotidsekvensen af ​​exoner bestemmer den genetiske kode for genet, der syntetiserer det specifikke protein, det koder. Kun eksoner forbliver inden for mRNA af et protein. Samlingen af ​​eksoner i genomet er kendt som eksom af en organisme. Det repræsenterer en del af genomet, der udtrykkes i gener. Hos mennesker tegner eksomet 1% fra genomet. Det er den proteinkodende del af det humane genom.

Figur 01: Exome

Hvad er transkriptom?

Transkriptomet er samlingen af ​​alle proteinkodende og ikke-kodende transkripter (RNA'er) i et givet væv. Transkriptom repræsenterer opsamlingen af ​​totale mRNA-molekyler udtrykt af generne i en celle eller et væv. Transkriptomet af en celle kan varieres med transkriptomet af en anden celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det ændrer sig med tiden som respons på både interne og eksterne stimuli. Selv i det samme væv eller inden for den samme celletype kan transkriptom ændres efter få minutter.

Transkriptom adskiller sig fra eksomet af en organisme. Transcriptom inkluderer kun de udtrykte exome-sekvenser. Selvom en celleeksom forbliver den samme, adskiller transkriptomet sig mellem cellerne, da genekspression ikke er den samme for alle celler eller væv. Kun essentielle gener udtrykkes i forskellige celler og væv. Genekspression er en vævs- eller celletypespecifik proces. Det reguleres af forskellige faktorer, herunder miljøfaktorer. Derfor kan transkriptom variere med eksterne miljøforhold.

Transcriptom bruges som forløber for proteomikundersøgelser. Alle proteiner er afledt af mRNA-sekvenser. Translationsmodifikationer kan resultere i ændringer i proteiner. Imidlertid tilvejebringer transkriptom vigtig grundlæggende information til de proteomiske undersøgelser.

Figur 02: Transkriptom af embryonale stamceller

Hvad er forskellen mellem Exome og Transcriptome?

Exome vs Transcriptome
Exome er samlingen af ​​proteinkodende region af generne.	Transcriptom er samlingen af ​​alt transkribert RNA inklusive mRNA.
Prøve
Exome studeres ved hjælp af DNA-prøve.	Transcriptom studeres ved hjælp af en RNA-prøve.
Undersøgelsesmetode
Hele exome-sekventering er metoden til at studere exome.	RNA-sekventering er metoden til at studere transkriptom.

Resume - Exome vs Transcriptome

Eksoner er de kodende sekvenser af generne og bestemmer mRNA-sekvenserne for proteinerne. Samlingen af ​​disse kodende sekvenser (eksoner) er kendt som eksom af en organisme. Gener transkriberes til mRNA-molekyler, før proteiner fremstilles. De samlede mRNA-molekyler af en celle eller et væv på ethvert givet tidspunkt er kendt som transkriptom. Transkriptom repræsenterer de gener, der aktivt udtrykkes i mRNA på ethvert givet tidspunkt. Transkriptom er celle- og vævsspecifikt og påvirker miljøforholdene. Dette er forskellen mellem exome og transcriptome.

Referencer:
1.Sarah et al., "Målrettet fangst og massivt parallel sekventering af tolv menneskelige udgange." Natur. U.S. National Library of Medicine, 10. september 2009. Web. 1. april 2017
2.Mutz et al. “Transkriptomanalyse ved hjælp af næste generations sekventering.” Elsevier: Artikel Locator. N.p., september 2012. Web. 1. april 2017

Billede høflighed:
1. ”Transkriptomet af pluripotente celler” Af Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., Det pluripotente transkriptom (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomet af pluripotente celler.Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, red. Stem Cell Research Community, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia