Forskellen mellem FISH og CGH

Det vigtigste forskel mellem FISH og CGH er det FISH er en molekylær teknik, der detekterer specifik DNA-sekvens på et kromosom ved hjælp af fluorescerende mærkede sonder, mens CGH er en anden molekylær cytogenetisk teknik, der detekterer ændringer i det genomiske DNA.

Cytogenetisk analyse spiller en vigtig rolle i medicinen, når detektering af kromosomale abnormiteter såsom aneuploidier, deletioner, duplikationer og omarrangementer osv. Kromosomale abnormiteter fører til sidst til genetiske sygdomme som kræft, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelter syndrom, Turner syndrom, leukæmi osv. Der er forskellige molekylære cytogenetiske metoder til at detektere ovennævnte defekter og sygdomme. Blandt dem er FISH (fluorescerende in situ-hybridisering) og CGH (komparativ genomisk hybridisering) to kraftige hybridiseringsteknikker. Imidlertid har begge metoder fordele og ulemper.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er FISK
3. Hvad er CGH
4. Ligheder mellem FISH og CGH
5. Sammenligning side ved side - FISH vs CGH i tabelform
6. Resume

Hvad er FISK?

FISH er en nukleinsyrehybridiseringsteknik udført på en del eller del af vævet i hele vævet eller cellerne. Det er en sonde-baseret metode. Teknikken afhænger af teorien om Watson Crick komplementær baseparring, hvilket resulterer i enten DNA - DNA-hybrider eller DNA - RNA-hybrider, som således kan detektere muterede gener eller kan identificere genet af interesse. Yderligere anvender denne teknik enkeltstrengede DNA-sekvenser, dobbeltstrengede DNA-sekvenser, enkeltstrengede RNA-sekvenser eller syntetisk oligonukleotid fremstillet under anvendelse af nick-translation som prober, der er komplementære til gensekvenser af interesse. Desuden er det vigtigste træk ved denne teknik mærkning af sonder med fluorescensfarvestoffer. Proberne bindes således med de komplementære dele af kromosomet og gør det let at detektere.

Derudover er FISH en meget følsom og specifik metode. Derfor er det en almindelig teknik i både forskning og diagnose af hæmatologiske maligniteter og faste tumorer. Men FISH viser lav opløsning. Det kræver også forudgående viden om målobnormaliteten for at designe probesekvenser.

Figur 01: FISK

Der er mange anvendelser af FISH, hovedsageligt i molekylær diagnostik af infektionssygdomme til at identificere tilstedeværelsen af patogener og for at bekræfte patogenet via molekylær diagnostik. Derudover er FISH en almindeligt anvendt teknik inden for udviklingsbiologi, karyotyping og fylogenetisk analyse og fysisk kortlægning af kromosomer.

Hvad er CGH?

Sammenlignende genomisk hybridisering (CGH) er en anden DNA-baseret molekylær cytogenetisk teknik, der kan detektere ændringerne af genomiske DNA-sekvenser. Metoden er en avanceret metode, der kan analysere kromosom- og genmodifikationer for at detektere ændringerne eller ændringerne i de genomiske DNA-sekvenser. Yderligere kræver CGH isolering og fragmentering af DNA fra den eksperimentelle prøve og referenceprøven. Derefter skal prøverne mærkes ved hjælp af to forskellige fluorescerende farvestoffer (normalt rød og grøn). Senere blandes begge prøver og tillades for konkurrencedygtig hybridisering. Det sidste trin er analysen af prøverne til ændringer i DNA, såsom gentuplikation, gentab osv. Især måler den forskellen mellem DNA-kopienumre mellem testprøven og kontrolprøven.

Figur 02: CGH

En anden version af CGH er tilgængelig nu; det er en mere avanceret metode end den normale CGH. Det er en teknik kaldet matrix-baseret CGH eller aCGH. aCGH tillader den nøjagtige identifikation af del- eller sekvensdeletioner i mange tusinde sekvenser i et enkelt eksperiment.

Hvad er ligheden mellem FISH og CGH?

FISH og CGH er to molekylære teknikker.
Både FISH og CGH er afhængige af nukleinsyrehybridisering.
Begge teknikker har også brug for designet sonder til at detektere specifikke DNA-mål.
Vi bruger dem til fødsel og postnatal diagnose af genetiske sygdomme.
Derudover er både FISH og CGH meget kraftfulde værktøjer til at studere genomiske ændringer.
De bruger fluorescerende farvestoffer til at mærke sonder.

Hvad er forskellen mellem FISH og CGH?

FISK er en in situ hybridiseringsprocedure, der bruger fluorescerende sonder til at detektere specifikke DNA-sekvenser, medens CGH er en molekylær hybridiseringsteknik, der detekterer ændringerne af genomiske DNA-sekvenser. Så dette er den vigtigste forskel mellem FISH og CGH.

Desuden kræver FISH forudgående viden om målobnormaliteten for at designe probesekvenser, medens CGH ikke kræver forkendskab. En yderligere forskel mellem FISH og CGH er, at FISH viser begrænset opløsning, mens aCGH viser høj opløsning.

Nedenstående infografisk opsummerer forskellen mellem FISH og CGH.

Resume - FISH vs CGH

FISH og CGH er to molekylære cytogenetiske teknikker, der letter påvisning af gensekvenser af interesse. FISH letter påvisningen af specifik DNA-sekvens på et kromosom under anvendelse af fluorescerende mærkede prober, mens CGH letter detekteringen af ændringer i det genomiske DNA. Så dette er den vigtigste forskel mellem FISH og CGH.

Reference:

1. “Fluorescence in situ Hybridization (FISH)” Nature News, Nature Publishing Group, tilgængelig her.
2. Hester, Susan D, et al. "Sammenligning af sammenlignende genomisk hybridiseringsteknologi på tværs af mikroarray-platforme." Journal of Biomolecular Techniques: JBT, Association of Biomolecular Resource Facilities, Apr. 2009, tilgængelig her.

Billede høflighed:

1. “Multiplex ViewRNA FISH-analyse i Jurkat- og HeLa-celler” Af Ryan Jeffs - Eget arbejde (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. “CGH-skema” Af Mbaudis (tale) (Uploads) - Eget arbejde (CC BY 2.5) via Commons Wikimedia

Videnskab & natur