Forskel mellem genotyping og sekvensering

Nøgleforskel - Genotyping vs sekventering
 

Genotyping og sekventering er to teknikker, der udføres for at opnå information om nukleinsyrerne, hovedsageligt DNA fra en organisme. Den vigtigste forskel mellem genotype og sekventering er den genotyping er processen med at bestemme, hvilken genetisk variant individet besidder ved hjælp af markører, mens sekventering er bestemmelsen af ​​den rigtige rækkefølge af nukleotidsekvensen i det givne DNA-fragment.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er genotyping
3. Hvad er sekventering
4. Sammenligning side ved side - Genotyping vs sekventering
5. Opsummering

Hvad er genotyping?

Genotyping er bestemmelsen af ​​den individuelle genetiske sammensætning ved hjælp af en sekvens af DNA og markører og sammenligning og identifikation af dets arv. Genotyping er vigtig inden for evolutionær biologi, populationsbiologi, taksonomi, økologi og genetik hos organismerne. Det kan udføres ved forskellige teknikker, herunder DNA-sekventering, polymerasekædereaktion, restriktionsfragmentlængdepolymorfisme (RFLP), tilfældig amplificeret polymorf påvisning, amplificeret fragmentlengdepolymorfisme (AFLP), DNA-mikroarrays, osv..

Genotyping involverer sekventering af bestemte små fragmenter af DNA-sekvenser og konstatering af sammenhæng mellem den genetiske sammensætning og andre individer ved anvendelse af genetiske markører. Det bestemmer de enkelte nukleotidpolymorfismer (SNP'er) blandt individerne eller de specifikke alleler. Genotyping kan anvendes til en lang række organismer inklusive mennesker. Det er også anvendeligt på mikroorganismer såsom vira, svampe osv. Og kan bruges til at bestemme deres genetiske varianter med referenceprofilerne. Ved molekylær epidemiologi og forensisk mikrobiologi udføres kontrol af patogener, især mikroorganismer, ved hjælp af informationen opnået fra genotyping. Genotyping er meget vigtig i stamboganalyse. Mennesker genotypes for at bekræfte moderskab og faderskab. Genotype afslører de dominerende og recessive alleler hos gener, der bestemmer specifikke træk.

Figur_1: RFLP-genotyping

Hvad er sekventering?

Sekventering er processen til bestemmelse af den korrekte rækkefølge af nukleotidet i et givet fragment af DNA eller RNA. Stort set al information, der kræves til vækst og udvikling af en organisme, er kodet i dens genom. Tilgængeligheden af ​​teknikker til fremstilling og adskillelse af et par hundrede nucleotider lange nucleinsyrefragmenter førte til udviklingen af ​​procedurer til bestemmelse af den nøjagtige nukleotidsekvens for et givet fragment af DNA eller RNA. Forskellige typer sekventeringsmetoder er tilgængelige i dag. Disse sekventeringsmetoder sammen med teknologierne til konstruktion af genombiblioteker, der repræsenterer hele genomet af en organisme, letter sekventeringen af ​​hele genomet til denne organisme ved at foretage en dybdegående analyse af genstrukturer, genfunktioner, genplaceringer, genudtryk, genkortlægning, genregulerende regioner osv.

De samlede genomer af mange vira, flere bakterier, archaebakterier, gær og adskillige andre organismer er blevet sekventeret og kortlagt. Mennesket genomprojekt har gjort det muligt at sekvensere og kortlægge hele det menneskelige genom og offentliggøre det første udkast i 2003. Det er en vigtig milepæl i fremme af biologi. Humane genomsekvenser bruges nu i den medicinske sektor til at identificere genetiske årsager til sjældne sygdomme, screene sygdomsrisiko hos nyfødte, identificere genetiske detaljer for forskellige kræftformer, udvikle nye terapeutiske midler og udvikle nye diagnostiske værktøjer osv..

I planteverdenen er risgenom og arabidopsis genom blevet sekventeret. Viden om disse sekvenser vil uden tvivl revolutionere vores forståelse af, hvordan celler og organismer fungerer.

Figur_2: Et autoradiograf over sanger-sekventering

Hvad er forskellen mellem genotyping og sekvensering?

Genotyping vs sekventering
Genotyping er processen med at bestemme den enkeltes genetiske sammensætning og kontrollere gruppen eller taksonomien for den organisme.	Sekventering er processen til bestemmelse af den nøjagtige rækkefølge af nukleotider af et givet DNA- eller RNA-fragment.
Teknikker
RFLP, gen-sekventering, PCR, DNA-mikroarrays, AFLP osv.	Sanger sequencing, Gilbert sequencing, Pyrosequencing, Next Generation Sequencing, Shotgun sequencing etc.
Store bekymringer
Dette er mere bekymret for, hvorvidt genotype-forskellene giver de faktiske fænotype-forskelle.	Dette er mere bekymret for nukleotidernes rækkefølge og dets forskelle og ændringer med andre organismer.

Resume - Genotyping vs Sequencing

Genotyping og sekventering er nyttige til undersøgelse af organismernes genetiske information. Genotyping er processen med at bestemme variationer i genotyper blandt individer og finde deres kategorier. Sekventering er processen til bestemmelse af den korrekte rækkefølge af nukleotiderne i det interesserede fragment eller DNA-regionen. Begge teknikker giver vigtig information om gener og genomer.

Reference:
1. "Genotyping metoder." Metoder i molekylærbiologi (Clifton, N.J.). U.S. National Library of Medicine, n.d. Web. 20. februar 2017.
2. Akey, J. M., D. Sosnoski, E. Parra, S. Dios, K. Heister, B. Su, C. Bonilla, L. Jin og M. D. Shriver. "Smeltekurveanalyse af SNP'er (McSNP ): En gelfri og billig tilgang til SNP-genotyping." BioTechniques 30.2 (2001): 358-67. Web.

Billede høflighed:
1. “RFLP genotyping” af (ukendt) - National Institutes of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia
2. “Radioaktiv fluorescerende” Af Abizar på engelsk Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia