Forskellen mellem lophotrochozoa og ecdysozoa, de to store bilateria, diskuteres i denne artikel. Baseret på de nylige studier, der anvender nukleare og mitokondriske DNA-sekvenser, reviderede forskere taxonomien for Animal Kingdom. I henhold til de nye molekylære fylogenier identificerer forskere deutersomes som en separat naturlig gruppe. Desuden er den største gruppe af protostomer nu opdelt i to monofyletiske bilaterale grupper kaldet Lophotrochozoa og Ecdysozoa. Dermed består Animal Kingdom nu af tre vigtigste monophyletiske klader af bilaterale dyr; lophotrochozoa, ecdysozoa og deuterstomia. Clade dueterostomia er yderligere opdelt i to undergrupper; (a) ambulacraria, der inkluderer pighuder, og (b) kordat, der omfatter urochordater, cephalochordater og hvirveldyr. Lophotrochozoa og ecdysozoa er yderligere opdelt i flere og flere undergrupper baseret på deres molekylære fylogenier.
De karakteristiske træk ved gruppen lophotrochozoa er tilstedeværelsen af en trochophore larver og en fodringsstruktur kaldet lophophore. Imidlertid har kun få lophotrochozoans begge disse karakteristiske træk. Lophotrochozoans reproduceres seksuelt ved at frigive deres gameter i miljøet. Asexual reproduktion er også almindelig i denne kategori. Hvert medlem af denne gruppe er triploblastisk og viser bilateral symmetri. Både terrestriske arter og akvatiske arter findes i denne gruppe. Lophotrochozoa er opdelt i seks undergrupper; (a) Flatworms (Platyhelminthes, der inkluderer turbellarians, trematoder og cestodes), (b) Nemerteans (båndorm), bløddyr (chitons, gastropoder såsom snegle, snegle, nudibranches, toskaller som muslinger og østerser, blæksprutter som blæksprutter og blæksprutter ), (c) Annelider (polychaetes som sandworms og tubeworms, oligochaetes inklusive regnorm og ferskvandsorm, hirudinider, der inkluderer igler), (d) Lophophorates (grenrør, phoronider og bryozoans) og (e) Rotifera (hjuldyr).
Navnet ecdysozoan gives til denne gruppe af dyr på grund af tilstedeværelsen af specielt kaldt steroidhormon ecdysteroid, som styrer den kaldte proces skalskifte eller metamorfose. Ecdysozoans besidder et kutikulært skelet og er i stand til at kaste skelet gennem ecdysen. De fleste af medlemmerne i denne gruppe har separate køn. Under den seksuelle reproduktion deponerer hannerne sædceller i kvindens krop. Mange ecdysozoans er ensomme arter, mens nogle arter lever i kolonier. Visse arter viser aseksuel reproduktion gennem parthenogenese.
De vigtigste undergrupper af ecdysozoan inkluderer nematoder (rundorm), onychophorans (fløjlsorm), tardigrader ("vandbjørne") og leddyr. Phylum Arthropoda er den største gruppe med størst antal arter og sammensat af hovedsageligt myriapoder (tusenbein, tusindbein), chelicerater (hestesko krabber, arachnider), krebsdyr (hummer, krabber, havkerner, copepoder) og hexapoder (insekter).
• Ecdysozoans har evnen til at kaste deres eksoskelet adskillige gange i hele deres levetid, hvorimod lophotrochozoan er de dyr, der besidder en trochophore larver og en fodringsstruktur kaldet lophophore.
• I modsætning til lophotrochozoan har ecdysozoans et specielt steroidhormon kaldet ecdysteroids.
• Ecdysozoa inkluderer nematoder, leddyr, onychophorans og tardigrades, mens lophotrochozoan inkluderer flatworms, nemerteans, bløddyr, ringformer, lophophorate og rotifer.