Forskellen mellem Nick Translation og Primer Extension

Nøgleforskel - Nick Translation vs Primer Extension
 

Nick-translation og primer-udvidelse er to vigtige teknikker, der udføres i molekylærbiologi. Den vigtigste forskel mellem nick-oversættelse og primerudvidelse er den nick-translationsproces producerer mærkede sonder til andre hybridiseringsteknikker mens primerforlængelsesmetode identificerer en specifik RNA-sekvens fra en blanding og afslører information om ekspressionen af ​​mRNA. Begge teknikker har stor betydning og udføres rutinemæssigt i molekylær forskningslaboratorier.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er Nick-oversættelse
3. Hvad er Primer Extension
4. Sammenligning side ved side - Nick Translation vs Primer Extension
5. Resume

Hvad er Nick Oversættelse?

Nick-translation er en vigtig teknik, der anvendes til at fremstille mærkede prober til forskellige molekylærbiologiske teknikker, såsom blotting, in situ hybridisering, fluorescerende in situ hybridisering osv. Det er en in vitro metode til DNA-mærkning. DNA-prober anvendes til at identificere specifikke DNA- eller RNA-sekvenser. Ved hjælp af en mærket sonde kan specifikke fragmenter markeres eller visualiseres fra en kompleks blanding af nukleinsyre. Derfor fremstilles mærkede sonder under anvendelse af forskellige teknikker, der skal anvendes til forskellige teknikker. Nick-translation er en sådan metode, der producerer mærkede prober ved hjælp af DNase 1- og DNA-polymerase 1-enzymer.

Nick-oversættelsesprocessen starter med DNase 1-enzymaktivitet. DNase 1 introducerer nicks i phosphatryggen i dobbeltstrenget DNA ved spaltning af phosphodiesterbindinger mellem nukleotider. Når først nicket er skabt, vil der fås 3 'OH-gruppe af nukleotidet, og DNA-polymerase 1-enzym vil virke på det. 5 'til 3' exonukleaseaktivitet af DNA-polymerase 1 fjerner nukleotider fra nicket mod 3'-retningen af ​​DNA-strengen. Samtidig fungerer polymeraseaktivitet af DNA-polymerase 1-enzym og tilsætter nukleotider til erstatning for de fjernede nukleotider. Hvis nukleotiderne var mærket, vil erstatningen ske med de mærkede nukleotider, og det markerer DNA'et til identifikation. Dette nyligt syntetiserede mærkede DNA kan anvendes som prober i forskellige hybridiseringsreaktioner i Molecular Biology.

Figur 01: Nick-oversættelsesproces

Hvad er Primer Extension?

Primerforlængelse er en teknik, der bruges til at finde specifik RNA-sekvens fra en RNA-blanding og lokalisere 5'-enden af ​​mRNA-transkriptet. Det bruges også til at studere strukturen af ​​RNA og ekspression. Primerforlængelsesmetode udføres med mærkede primere eller med mærkede nukleotider. Hvis der anvendes mærkede primere, udelukker det behovet for mærkning af nukleotiderne, der anvendes til syntese af cDNA. Der er flere trin i denne teknik. Det starter med ekstraktion af RNA fra prøven. Derefter sættes en mærket oligonukleotidprimer til blandingen sammen med de nødvendige ingredienser til syntese af cDNA fra en specifik RNA-sekvens. Primer glødes med den komplementære sekvens fra blandingen. Under anvendelse af den primer-annealede sekvens som skabelon syntetiserer enzym-revers transkriptase det komplementære DNA (cDNA) fra RNA-sekvensen. Primerglødning og revers transkription forekommer kun, når den specifikke RNA-sekvens er til stede i prøven. Endelig, når denaturerende gelelektroforese udføres, kan størrelsen på RNA-sekvensen bestemmes. Det er også let at finde +1-basen i mRNA (transkriptionstititionsstedet) -sekvensen ved hjælp af primerforlængelsesmetoden. Mængden af ​​mRNA, der er til stede i prøven, kan kvantificeres ved denne metode, hvis der anvendes overskydende primer.

Figur 02: Grundforlængelse

Hvad er forskellen mellem Nick Translation og Primer Extension?

Nick Translation vs Primer Extension
Nick-translation er en proces, der skaber mærkede DNA-prober til forskellige hybridiseringsreaktioner.	Primerforlængelse er en teknik, der anvendes til at finde specifik RNA eller til at undersøge genekspression.
Brugte enzymer
DNase 1 og DNA polymerase enzymer anvendes.	Omvendt transkriptaseenzym anvendes.
Betydning
Nick-oversættelse letter markeringen af ​​specifik DNA-sekvens.	Primerforlængelse muliggør detektion af specifik mRNA-sekvensstørrelse og den mængde, der er til stede i prøven.

Resume - Nick Translation vs Primer Extension

Nick-translation er en metode, der bruges til at syntetisere mærkede prober baseret på aktiviteterne i DNase 1 og E coli DNA-polymerase 1-enzymer. Det er en in vitro fremgangsmåde anvendt i laboratorierne før forskellige hybridiseringsteknikker. Under nick-translationen fjerner 5'-3'-exonuclease-aktivitet af DNA-polymerase 1 nukleotider foran nicket, og polymerase-aktiviteten af ​​DNA-polymerase 1 erstatter de fjernede nucleotider med mærkede nucleotider bag nicket. Primerforlængelse er en metode, der anvendes til at detektere et specifikt RNA-transkript fra en blanding og kvantificere størrelsen og mængden af ​​interesse-RNA. Dette er forskellen mellem nick-oversættelse og primerudvidelse.

Referencer
1. Reid, Alex. “Nick-oversættelse.” Springer. N.p., n.d. Web. 18. april 2017
2. "Primer-udvidelse." National Diagnostics. N.p., n.d. Web. 19. april 2017
3. Kuo, M. T. og W. Plunkett. "Nick-translation af metaphase-kromosomer: in vitro-mærkning af nuclease-overfølsomme regioner i kromosomer." Forløb fra Det Nationale Akademi for Videnskaber i Amerikas Forenede Stater. U.S. National Library of Medicine, februar 1985. Web. 19. april 2017
4. Raymond et al. “Enkel, kvantitativ PCR-analyse med primerforlængelse til direkte overvågning af microRNA'er og kort-interfererende RNA'er.” RNA. Copyright 2005 af RNA Society, nov. 2005. Web. 19. april 2017

Billede høflighed:
1. “Primer Extension Assay” Af Jjnmmnjj - Eget arbejde (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia