Forskellen mellem QTL og GWAS

Det vigtigste forskel mellem QTL og GWAS er afhængig af typen af ​​sekvenser anvendt i analysen. QTL bruger bindingsgenloki til at analysere fænotypiske træk, der er forbundet med polygenarv, mens GWAS bruger hele genomsekvenser til at analysere enkeltnukleotidpolymorfismer af en bestemt tilstand.

QTL-kort og GWAS spiller en vigtig rolle i de genetiske analyser for forskellige træk. Desuden er de vigtige i analyse af forskellige sygdomsforhold med ukendt etiologi. Derudover spiller sekventering en nøglerolle i begge teknikker. Disse teknikker kan yderligere kobles med andre teknikker med høj kapacitet til øget nøjagtighed og præcision.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er QTL 
3. Hvad er GWAS
4. Ligheder mellem QTL og GWAS
5. Sammenligning side ved side - QTL vs GWAS i tabelform
6. Resume

Hvad er QTL?

QTL står for Kvantitativ egenskabslokal. Det er et område af DNA'et, der er forbundet med en fænotypisk egenskab. Generelt giver en QTL anledning til polygene virkninger. Fordelingen af ​​QTL'er varierer, og antallet af QTL'er antyder variationen i en bestemt fænotypisk egenskab. Desuden koder de typisk for underliggende kontinuerlige træk og ikke for separate træk.

Efter identifikation af QTL-regionerne er det vigtigt at sekvensere et bestemt QTL-område. For at gøre undersøgelser og forskning nemt foregår sekventering og lagring af sekvensdata fra de fælles QTL-regioner med involvering af bioinformatik. Vi kalder denne teknik QTL-kortlægning. Derefter opbygges en database med QTL-regionsekvenserne.

Figur 01: QTL Scan

Desuden er applikationer af QTL-sekvenser hovedsageligt afhængige af BLAST-værktøj, hvor sekvensligheden kan bestemmes. Det er vigtigt i at udlede forhold mellem organismer. Yderligere er det vigtigt ved bestemmelse af kompleksiteten af ​​en bestemt polygen fænotype. Det bestemmer også udviklingen af ​​en bestemt egenskab.

På nuværende tidspunkt kombineres QTL-analyse med andre teknikker med høj gennemløb som DNA-mikroarrays. Dette er vigtigt i ekspressionsanalysen af ​​fænotypen. I øjeblikket er forskere meget interesseret i at udvikle QTL-databasen, da QTL-regioner er ansvarlige for mange vigtige træk af forskellige arter.

Hvad er GWAS?

GWAS står for Genome Wide Association-undersøgelse. Det refererer også til hele genomforeningsundersøgelser. Disse studier fokuserer hovedsageligt på observationsstudier. Den analyserer de genetiske varianter af forskellige individer, der normalt er forbundet med en bestemt egenskab. Derudover er hele genomet vigtigt for GWAS-analyse.

Figur 02: GWAS

GWAS er et vigtigt redskab i analysen af ​​polymorfismer med en enkelt nukleotid forbundet med forskellige sygdomsbetingelser. Dette er også en sammenlignende undersøgelse af de forskellige enkeltnukleotidpolymorfismer i en bred population. Derudover er undersøgelsesprøven af ​​GWAS meget høj; derfor tager det også formatet af en tværsnits-kohortundersøgelse.

Desuden fandt den første GWAS-undersøgelse sted med hensyn til hjerteinfarkt og analyse af generne forbundet med hjerteinfarkt. På nuværende tidspunkt spiller GWAS en vigtig rolle i bestemmelsen af ​​den genetiske baggrund for komplekse sygdomme med ukendt etiologi.

Hvad er ligheden mellem QTL og GWAS?

• De er afhængige af DNA-sekvensdata til analysen.
• Begge er forbundet med den genetiske baggrund for forskellige karakterer.
• Desuden kræver de bioinformatikværktøjer til at udlede og fortolke resultater.
• De udføres på store populationer.

Hvad er forskellen mellem QTL og GWAS?

QTL analyserer de fænotype træk, der er forbundet med polygenarv ved anvendelse af bundne genloki, mens GWAS analyserer enkeltnukleotidpolymorfismer af en bestemt tilstand under anvendelse af hele genomsekvenser. Dette er således den vigtigste forskel mellem QTL og GWAS. QTL-kortlægning er relativt en mindre kompleks teknik end GWAS, da det kræver hele genomsekventering.

Nedenstående infografisk opsummerer forskellen mellem QTL og GWAS i tabelform.

Resume - QTL vs GWAS

QTL-kortlægning og GWAS spiller en vigtig rolle i bestemmelsen af ​​den genetiske baggrund for forskellige fænotype træk. De hjælper også med at analysere den genetiske baggrund for forskellige sygdomme. QTL-kortlægning kortlægger forbindelsesgenerne, der er ansvarlige for kontinuerlige træk, og involverer også kortlægning af de polygene arvegener. GWAS foregår på den anden side med hele genomets analyse af enkeltnukleotidpolymorfismer. Derudover finder dette sted på tværs af en større befolkning. Dette er således resuméet af forskellen mellem QTL og GWAS.

Reference:

1. Liu, Ruixian, et al. "GWAS-analyse og QTL-identifikation af fiberkvalitetstræk og udbyttekomponenter i bomuld i opland ved hjælp af berigede SNP-markører med høj densitet." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13. september 2018, tilgængelig her.
2. “GWAS Vs. Qtl-kortlægning? ” Seneste indlæg, fås her.

Billede høflighed:

1. “Eksempel på genom-bred QTL-scanning fra PLoS-biologi” Af - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Kobling af osteoporose til kromosom 20p12 og associering til BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) via Commons Wikimedia
2. “GWAS Disease allel effects” Af Bush WS og Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Kapitel 11: Genome-Wide Association Studies. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) via Commons Wikimedia