Forskel mellem tilfældige primere og Oligo dT

Det vigtigste forskel mellem tilfældige primere og oligo dT er det den tilfældige primer er en blanding af alle mulige hexameroligonukleotidsekvenser, medens oligo dT-primeren består af en enkeltstrenget strækning af 12-18 deoxythymidiner.

Omvendt transkription er en mekanisme, hvor cDNA kan syntetiseres ved anvendelse af mRNA eller en hvilken som helst RNA-art. For at producere cDNA skal omvendt transkriptaseenzym og andre nødvendige komponenter tilvejebringes, især skabelon og primere. Primere er de korte DNA-sekvenser, der specifikt er designet til amplificering af målsekvenserne. Tilfældige primere og oligo dT-primere er to almindelige typer primere, der anvendes til revers transkription. Derfor er tilfældig primer eller oligo dT-primer korte DNA-oligonukleotidsekvenser, der kræves til omvendt transkriptase for at initiere omvendt transkription. Afhængig af RNA-skabelonen kan den passende primer vælges blandt disse to primertyper.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er tilfældige primere 
3. Hvad er Oligo dT
4. Ligheder mellem tilfældige primere og Oligo dT
5. Sammenligning side ved side - Tilfældige primere vs Oligo dT i tabelform
6. Resume

Hvad er tilfældige primere?

Tilfældig primer er en blanding af oligonukleotider, der repræsenterer alle mulige hexamersekvenser. Primersekvens af tilfældig primer er 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T eller C. Derfor kan tilfældige primere anvendes til amplificering af enkeltstrenget DNA eller RNA med DNA-polymerase eller revers transkriptase, henholdsvis. Desuden er tilfældig primerblanding i stand til at amplificere alle regioner i RNA til at generere cDNA. Således producerer det forskellige længder af cDNA.

Figur 01: Tilfældige primere

Det vigtigste er, at den tilfældige grundblanding ikke viser skabelonspecificitet. Det er ikke i stand til at skelne mRNA og andre RNA-arter. Og det annealer med enhver art af RNA i prøven. Tilfældig primerblanding er imidlertid egnet til omvendt transkription af RNA'er uden poly (A) haler, såsom rRNA, tRNA, ikke-kodende RNA'er, små RNA'er, prokaryotisk mRNA osv., Nedbrudt RNA og RNA med kendte sekundære strukturer.

Hvad er Oligo dT?

Oligo dT-primer er en strækning på 12 - 18 deoxythymin (dT). Primersekvensen kan repræsenteres som 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Det bruges til produktion af cDNA fra mRNA indeholdende poly (A) hale. Grundlæggende fungerer det som en primer for reaktionen katalyseret ved omvendt transkriptase. Under revers transkription annealiserer oligo dT-primer med den poly-adenylerede hale, der findes på 3'-enden af ​​de fleste eukaryote mRNA'er og starter processen.

Figur 02: Omvendt transkription ved hjælp af Oligo dT Primer

I modsætning til tilfældig primer er oligo dT-primer ikke egnet til nedbrudt RNA eller RNA, der mangler poly (A) haler, herunder prokaryot RNA og microRNA.

Hvad er ligheden mellem tilfældige primere og Oligo dT?

• Tilfældig primer og oligo dT-primer er to typer primere, der bruges til revers transkription og fremstilling af cDNA.
• Brug af tilfældig primer og oligo dT-primer tilsammen øger følsomheden for cDNA-syntese.
• De er enkeltstrengede korte nukleotidsekvenser.

Hvad er forskellen mellem tilfældige primere og Oligo dT?

Tilfældig primer er en kort oligonukleotidsekvens sammensat af en tilfældig sekvens. I mellemtiden er oligo dT-primer en kort streng sammensat af 12 til 18 deoxythymidiner. Så dette er den vigtigste forskel mellem tilfældige primere og oligo dT. Sekvensen af ​​tilfældig primer er 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T eller C. Mens sekvensen af ​​oligo dT-primer er 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Derfor kan vi betragte dette som en anden forskel mellem tilfældige primere og oligo dT.

Desuden viser tilfældige primere ikke skabelonspecificitet, og de anneales med nogen art af RNA, mens oligo dT-primere viser specificitet for poly (A) haler af eukaryotisk mRNA.

Nedenstående infografisk opsummerer forskellen mellem tilfældige primere og oligo dT.

Resume - Tilfældige primere vs Oligo dT

Tilfældig primer og oligo dT-primer er to typer primere anvendt til cDNA-syntese. Tilfældig primer består af en blanding af oligonukleotider, der repræsenterer alle mulige hexamersekvenser, medens oligo dT-primer er en enkeltstrenget sekvens på 12 til 18 deoxythymidiner. Så dette er den vigtigste forskel mellem tilfældige primere og oligo dT. Desuden er oligo dT-primere nyttige til fuld længde revers transkription af RNA med poly (A) hale, mens tilfældige primere er nyttige til revers transkription af de fleste RNA-arter, herunder nedbrudt RNA, RNA, der mangler poly (A) haler og RNA indeholdende sekundære strukturer. Derfor viser den tilfældige primer ikke skabelonspecificitet, medens oligo dT-primer viser specificitet over for eukaryotisk mRNA, der indeholder poly (A) hale.

Reference:

1. "Reverse Transcript Setup: Thermo Fisher Scientific - US." Reverse Transcript Setup | Thermo Fisher Scientific - USA, tilgængelig her.

Billede høflighed:

1. “Primers RevComp” af Zephyris - Eget arbejde (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. “RT PCR Model” Af Lokeshthimmana - Eget arbejde (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia