Forskel mellem RAPD og RFLP

Nøgleforskel - RAPD vs RFLP

Genetiske markører bruges i molekylærbiologi til at identificere genetiske variationer mellem individer og arter. Tilfældigt forstærket polymorf DNA (RAPD) og Begrænsning Fragment Længde polymorfisme (RFLP) er to vigtige molekylære markører, der rutinemæssigt bruges i laboratorier. RAPD udføres med korte og vilkårlige oligonukleotidprimere, og det er baseret på den tilfældige amplifikation af de flere placeringer i hele skabelon-DNA for organismen. RFLP udføres med en specifik restriktionsendonuklease, og den er baseret på polymorfismen af resulterede restriktionsfragmenter og hybridisering. Den vigtigste forskel mellem RAPL og RFLP er den RAPD er en type PCR-teknik udført uden den forudgående viden om sekvens hvorimod RFLP er ikke involveret i PCR og kræver viden om forudgående sekvens for at udføre teknikken.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er RAPD
3. Hvad er RFLP
4. Sammenligning side ved side - RAPD vs RFLP
5. Resume

Hvad er RAPD?

RAPD er en nyttig molekylær markør inden for molekylærbiologi. Det er en hurtig og nem teknik. RAPD kan defineres som en metode, der resulterer i polymorfe DNA-sekvenser som et resultat af tilfældig amplifikation af flere placeringer af mål-DNA-skabelonen. RAPD bruger korte oligonukleotidprimere med vilkårlige sekvenser til PCR-amplificering. Primere syntetiseres kunstigt uden den kendte forudgående sekvens. Derfor betragtes det som en let og nyttig teknik.

Følgende større trin er involveret i RAPD.

Ekstraktion af mål-DNA
Amplifikation af de forskellige placeringer af mål-DNA'et ved anvendelse af tilfældigt valgte primere
Gelelektroforese af de amplificerede PCR-produkter
Farvning med ethidiumbromid og identifikation af polymorfismen

Som et resultat af variationen i primerglødningen genereres forskellige fragmenter med forskellige længder under amplificeringen. Derfor er båndmønstre på gelerne forskellige mellem individer og arter. Således muliggør RAPD påvisning af genetisk variation blandt organismer i identifikation og differentiering.

RAPD anvendes i forskellige undersøgelser af molekylærbiologi, såsom identifikation af den genetiske forskel mellem tæt beslægtede arter, genkortlægning, DNA-fingeraftryk, identifikation af arvelige sygdomme osv..

Figur 01: RAPD

Hvad er RFLP?

Restriktionsfragmentlængde-polymorfismer (RFLP'er) er en molekylær markør anvendt i molekylærbiologi til identifikation af genetisk variation i homologe DNA-sekvenser. Det er den første genetiske markør udviklet til DNA-fingeraftryk. Alle organismer producerer unikke DNA-profiler, når de er begrænset med specifikke restriktionsenzymer. RFLP fungerer som et vigtigt værktøj til at producere unikke DNA-profiler for individer og påvisning af genetisk variation blandt dem. Når DNA-prøver fordøjes med specifikke restriktionsendonukleaser, giver det forskellige DNA-profiler, som er unikke for hvert individ. Derfor er det vigtigste ved denne metode påvisningen af genetisk variation blandt organismer ved at begrænse homologt DNA med specifikke restriktionsenzymer og analyse af fragment-længde-polymorfisme via gelelektroforese og blotting. Blottingmønstre er unikke for hver organisme og karakteriserer de specifikke genotyper.

Følgende trin er involveret med RFLP.

Isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøver
Fragmentering af DNA-prøverne med specifik restriktionsendonukleaser i kort sekvens
Adskillelse af de resulterede fragmenter med forskellige længder ved agarosegelelektroforese.
Overførsel af gelprofilen til en membran ved sydlig blotting
Hybridisering af membranen med mærkede prober og analyse af fragment-længde-polymorfisme i hver profil

RFLP har forskellige anvendelser, såsom diagnose af arvesygdomme, genomkortlægning, kriminel identifikation i retsmedicinske undersøgelser, faderskabstest osv..

Figur 02: RFLP-genotyping

Hvad er forskellen mellem RAPD og RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD er en molekylær markør baseret på tilfældige primere og PCR.	RFLP er en molekylær markør baseret på produktion af forskellige længdebegrænsningsfragmenter.
Påkrævet prøve
Små DNA-prøver er nok til RAPD-analysen.	En stor mængde ekstraheret DNA-prøve er påkrævet til RFLP-analyse.
Tid
RAPD er en hurtig proces.	RFLP er en tidskrævende proces.
Primer brug
Tilfældige primere bruges, og samme primere kan bruges til forskellige arter.	Artspecifikke sonder anvendes i RFLP til hybridisering.
Pålidelighed
Pålideligheden af teknikken er mindre sammenlignet med RFLP.	RFLP er en pålidelig teknik.
Blotting
RAPD involverer sydlig blotting.	Sydlig blotting er et trin i RFLP.
Påvisning af allelisk variation
Alleliske variationer kan ikke detekteres af RAPD.	Alleliske variationer kan detekteres af RFLP.
Behov for sekvensviden
RAPD kræver ikke forudgående sekvensviden.	Kendskab til forudgående sekvens er påkrævet for probe-design.
PCR
PCR er involveret i RAPD	PCR er ikke involveret i RFLP.
Reproducerbarhed
RAPD har en lav reproducerbarhed	RFLP er har en høj reproducerbarhed sammenlignet med RAPD.

Resume - RAPD vs RFLP

RAPD og RFLP er vigtige markører anvendt i molekylærbiologi. Begge metoder er i stand til at detektere genetisk variation blandt organismer. RAPD udføres under anvendelse af tilfældige primere. RFLP udføres under anvendelse af specifikke restriktionsenzymer. Begge metoder producerer DNA-profiler, der er unikke for individuelle organismer. RAPD er involveret sammenligneligt få trin end RFLP. Men det giver mindre pålidelige og reproducerbare resultater end RFLP. Dette er den største forskel mellem RAPD og RFLP.

Referencer:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang og M. K. Slocum. "Sammenligning af RAPD- og RFLP-genetiske markører til bestemmelse af genetisk lighed blandt Brassica oleracea L.-genotyper." TAG. Teoretisk og anvendt genetik. Theoretische und angewandte Genetik. U.S. National Library of Medicine, mar. 1994. Web. 12. april 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey og Antoni Rafalski. ”Sammenligningen af RFLP, RAPD, AFLP

Billede høflighed:
1. “RFLP genotyping” af (ukendt) - National Institutes of Health (Public Domain) via Commons Wikimedia

Videnskab & natur