Forskel mellem lighed og identitet i rækkefølgejustering

Det vigtigste forskel mellem lighed og identitet i sekvensjustering er det lighed er lighed (lighed) mellem to sekvenser i sammenligning, mens identitet er antallet af tegn, der matcher nøjagtigt mellem to forskellige sekvenser.

Bioinformatik er et tværfagligt videnskabsområde, der hovedsageligt involverer molekylærbiologi og genetik, datalogi, matematik og statistik. Sekvensjustering er et vigtigt udtryk inden for bioinformatik. Det er proceduren, hvor sekvenserne af DNA, RNA eller protein er arrangeret til at identificere regioner med lighed, der er en konsekvens af funktionelt, strukturelt eller evolutionært forhold mellem sekvenserne. Ved afslutningen af ​​justeringen vil de blive præsenteret som rækker inden for en matrix. For at tilpasse de identiske tegn i successive coloums er der indsatte huller mellem resterne.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er ligheden i sekvensjustering
3. Hvad er identitet i rækkefølgejustering
4. Ligheder mellem lighed og identitet i rækkefølgejustering
5. Sammenligning side ved side - lighed vs identitet i rækkefølgejustering i tabelform
6. Resume

Hvad er lighed?

Lighed i sekvensindretning er ligheden mellem to sekvenser sammenlignet. Denne kendsgerning er afhængig af sekvensernes identitet. Lighed viser, i hvilket omfang resterne er på linje. Derfor indeholder lignende sekvenser lignende egenskaber. I bioinformatik er lighed et værktøj til at vurdere ligheden mellem to proteiner.

Figur 01: lighed i rækkefølgejustering

Der er to hovedtrin til sekvensjusteringsprocessen. Det indledende trin er parvis retning, som hjælper med at finde den optimale justering mellem to sekvenser (inklusive huller) ved hjælp af algoritmer såsom BLAST, FastA og LALIGN. Den matchende algoritme finder det mindste antal redigeringsoperationer; in-dels og substitutioner for at tilpasse den ene sekvens til den anden sekvens. Efter parvis retning, er det nødvendigt at opnå to kvantitative parametre fra hver parvis sammenligning. De er identitet og lighed.

Hvad er identitet?

Identitet i sekvensjustering er antallet af tegn, der matcher nøjagtigt mellem to forskellige sekvenser. Huller tæller derfor ikke, når man vurderer identitet. Målingen betragtes som relation til den kortere sekvens blandt de to sekvenser. Det indebærer signifikant, at det har den virkning, hvor sekvensidentiteten ikke er transitive. Hvis X = Y og Y = Z, er X ikke nødvendigvis lig med Z. Dette er udledt med hensyn til måling af identitetsafstand.

Figur 02: Identitet i rækkefølgejustering

For eksempel har X en sekvens af AAGGCTT, Y har en sekvens af AAGGC og Z har en sekvens af AAGGCAT. Identiteten mellem X og Y er 100% 5 identiske nukleotider / min [længde (X), længde (Y)]. Identiteten mellem Y og Z er også 100%. Men identiteten mellem X og Z er kun 85% (6 identiske nukleotider / 7).

Hvad er lighederne mellem lighed og identitet i rækkefølgejustering?

• Både lighed og identitet er to udtryk, vi bruger i sekvensjustering.
• De henviser også til ligheden mellem de to sekvenser.
• Desuden udtrykker vi dem som en procentvis værdi.

Hvad er forskellen mellem lighed og identitet i rækkefølgejustering?

Lighed i justering fortæller ligheden mellem to sekvenser sammenlignet, mens identitet i sekvensjustering fortæller mængden af ​​tegn, der matcher nøjagtigt mellem to forskellige sekvenser. Derfor er dette den vigtigste forskel mellem lighed og identitet i sekvensjustering.

Resume - lighed vs identitet i rækkefølgejustering

Sekvensjustering hjælper med at identificere regioner med lighed i DNA, RNA eller protein resulteret på grund af funktionelt, strukturelt eller evolutionært forhold mellem sekvenserne. Derfor er lighed og identitet to nøglebegreber i sammenhæng med sekvensjustering. Den vigtigste forskel mellem disse to udtryk er, at ligheden er ligheden mellem to sekvenser i sammenligning, mens identitet er antallet af tegn, der matcher nøjagtigt mellem to forskellige sekvenser. Dette er således resuméet af forskellen mellem lighed og identitet i sekvensjustering.

Reference:

1. "Identitet og lighed - et kvantitativt mål." Identitet og lighed - en kvantitativ foranstaltning, tilgængelig her.
2. "Sekvensjustering." Sequence Alignment - Bioinformatics.Org Wiki, tilgængelig her.

Billede høflighed:

1. “Justeringsbaseret og justeringsfri filogeni” Af Kolekar Pandurang - Eget arbejde (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia
2. “BLAST sample output” Af Fdardel - Eget arbejde (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia