Al Qaeda og Taleban er forskellige terroristgrupper af ekstremistiske muslimer, der fejlagtigt fortolker grundlæggene i
Al-Qaida blev formelt organiseret i slutningen af 1980'erne af flere højtstående islamiske ledere, herunder Osama Bin Laden, der leverede en stor del af dens finansiering. Dette startede som en jihadistgruppe (som betyder kamp i vejen for Gud) i Afghanistan, kendt som Maktab al-Khidmat eller "servicekontor" mod afghanerne og sovjeterne og senere udviklede sig og udvides til en global jihadbevægelse. Skønt denne bevægelse startede i Afghanistan, ved udgangen af 2008, var et stort flertal af Al-Qaida-medlemmerne baseret ud af landet.
Begyndelsen af Taliban rapporteres er indledt som en reaktion mod Mujahedeen-krigsherrene og også sponsoreret af “Afghanistan Transit Trade” for at rydde den sydlige vej over Afghanistan. Nogle antydede også, at Taliban også modtog støtte fra CIA og ISI (Pakistans efterretningsbureau) for at kæmpe mod sovjeterne. Fra 1994 til 1996 tog Taliban kontrol over 34 provinser. Følgelig indførte Taliban sharialov i Afghanistan, og med hjælp fra religiøse ledere i Pakistan konsoliderede mere magt og indførte dens regler i grænser også til Pakistan..
Den ideologi, som Al-Qaida-medlemmer fulgte, er baseret på sharialovgivningen. Nogle antyder, at Sayyad Qutb eller skrifterne er skrevet qutbism har i høj grad påvirket de ledende ledere i Al-Qaida. Ifølge qutbism er islam en livsstil, og denne ideologi tror på begrebet stødende jihad, der er bevæbnet krigføring for at fremme islam.
Ideologien fulgt af Taliban var en kombination af sharialov og Pashtun-stammekoder, der delte nogle begreber om jihad efterfulgt af Al-Qaida-gruppen. De fulgte en meget streng adfærdskodeks, forbød tv og videoer og tvang mænd og kvinder til at følge Talibans klædekode og Taliban livsstil. Ideologien ændrede sig imidlertid efterhånden som tiden skred frem, og senere blev de fleste beslutninger og love truffet og vedtaget af Mullah Omar alene.
I alt er der blevet foretaget seks Al-Qaida-angreb, fire mod Amerika. Disse inkluderer et bombeangreb i Aden, Yemen i 1992, et angreb på World Trade Center i New York og derefter i slutningen af 1990'erne i den amerikanske ambassade i Østafrika, der dræbte 300 mennesker. Det mest ødelæggende angreb som på World Trade Center, New York den 11. september 2001. Al-Qaida har også været involveret i angreb i Afrika, Europa, Mellemøsten og Kashmir.
Taliban fik magten i 1994 med erobringen af Kandahar City og de omkringliggende områder. Taliban modtog støtte fra Jamiat Ulema-e-Islam (JUI) i Pakistan. Efter at have fanget Kabul i 1996 indførte Taliban sharialov i Afghanistan, der forbød videofilm, dans, trimmede skæg af mænd og tvang også kvinder til at klæde Taliban måde og bære burkaer. Hård straffe blev pålagt tyve og mordere af "religiøst politi". Taliban opererede i Afghanistan og Pakistan, og dens medlemmer omfattede forskellige Pashtun-etniske stammer og frivillige fra andre grænser til islamiske lande.
Taliban kæmper også med andre religiøse ekstremister i Pakistan. For eksempel fremhæver en nylig BBC-historie et angreb fra Taliban på militante tilhørende Lashkar-e-Islam i Khyber-regionen.
Al-Qaida menes bredt at være et netværk af løst tilknyttede terroristgrupper snarere end en sammenhængende organisation med kommando-og-kontrolstrukturen og den permanente ramme af terrorister. Selvom der ikke er meget information om Al-Qaida, er en idé om dens organisation og driftsstyring blevet leveret til USA af en tidligere associeret af Osama bin Laden i et vidnesbyrd. I henhold til dette blev senioroperationen i Al-Qaida ledet af Osama bin Laden og rådgivet af et råd, der består af 20-30 senior Al-Qaida-medlemmer. Der er forskellige udvalg, der er nedsat til at styre områder som militære operationer, erhvervsliv, islamisk lov og medier.
Taliban-regeringen er blevet beskrevet som værende mystisk og diktatorisk og klassificeret som en "alternativ regering". Der er ingen politiske partier, og der afholdes ikke valg. Taliban ledes af Mullah Mohammed Omar, og hans ledere er stort set madrasa (uddannelsesinstitution, der underviser i Islam) lærere. Flere sharia-domstole over hele landet behandler kommercielle og civile sager, herunder opkrævning af skatter.