Størrelsen af prokaryotiske celler er typisk 0,2-2,0 mikrometer i diameter, mens eukaryotisk celle er 10-100 mikrometer i diameter.
Eukaryoter kaldes for at have 'ægte kerne', fordi den indeholder membranbundne kerner og består af andre organeller, såsom lysosomer, Golgi-kompleks, endoplasmatisk retikulum, mitokondrier og chloroplaster, mens prokaryoter ikke har nukleær membran eller andre membran-lukkede organeller.
I prokaryoter er flagellum lavet af to proteinbygningsblokke; og cellevæg er kemisk kompleks og lavet af peptidoglycan (en enkelt stor polymer af aminosyrer og sukker), mens eukaryoter 'flagellum er mere kompleks med flere mikrotubuli, og når cellevægge er til stede, er de kemisk enkle.
I prokaryoter forekommer celledelingen via binær fission, og ingen meiose finder sted, men kun overførsel af DNA-fragmenter sker via konjugering. Celleinddeling i eukaryoter sker gennem mitose og seksuel reproduktion sker gennem meiose.
I eukaryoter består plasmamembranen af steroler og kulhydrater. Cytoplasma består af cytoskeletter, og cytoplasmatisk strømning er til stede. Ribosomer er større (80S) og mindre (70S) i størrelse, og kromosomer er multiple og lineært arrangeret med histoner. DNA fra eukaryoter er meget mere kompliceret end DNA fra prokaryoter.
I prokaryoter indeholder plasmamembranen ikke kulhydrater eller steroler. Cytoplasma har ikke cytosketeton eller cytoplasmatisk streaming. Ribosomer er mindre (70S) i størrelse og er til stede med et enkelt cirkulært kromosom, som ikke består af histoner.