Fat32 og NTFS blev oprettet for at holde styr på alle filerne på en harddisk. Fedt (File Allocation System) oprettet af Bill Gates og Marc McDonald, er den ældre af de to og har gennemgået en masse ændringer siden sin første optræden i år 1977. Antallet angiver antallet af bits, der er nødvendigt for at holde styr på filer. Fat16 har været standarden i ganske lang tid, indtil harddisk med kapacitet større end 4 GB ankom på markedet, hvor Fat32 blev oprettet.
På den anden side blev NTFS-filsystemet født fra HPFS-filsystemet brugt af OS / 2, et samarbejde mellem IBM og Microsoft. Når handlen ikke skubbede igennem, dukkede nogle af funktionerne i HPFS op i NTFS, da den dukkede op for Windows NT-platformen. Det er siden blevet udviklet og vises i nyere Windows-version som XP, Vista og den snart frigivne Windows 7. Microsoft holder patentet til NTFS og videregiver således ikke nogen detaljer med hensyn til filsystemet, der kun gør NTFS-drev læsbar til Windows-systemer i lang tid, selvom der allerede er nogle linuximplementeringer, der er i stand til at få adgang til NTFS-drev, men uden dens fremtrædende funktioner.
Fat32 er et meget forenklet og flufffrit system, der også er meget dokumenteret. Det gør ikke rigtig meget af noget bortset fra at holde styr på, hvor filerne er placeret. Derfor er det blevet det valgte filsystem for de fleste bærbare lagringsmedier som flashdrev, mp3-afspillere og hukommelseskort.
NTFS-filsystemet er det modsatte og tilbyder flere forbedringer, der ikke kun forbedrer dens ydeevne, men også dens sikkerhed. Den ene er gennemsigtig filkomprimering, som automatisk komprimerer filen, når den skrives til disken. Dette kan potentielt frigøre noget diskplads, men filer kan tage noget tid at indlæse. Et andet er diskkvoter, hvor en systemadministrator kan specificere, hvor meget af disken en bestemt bruger kan bruge.
Det er en relativt nem opgave at vælge mellem NTFS og FAT32 filsystemer. Kort sagt er NTFS den bedre mulighed, når du vil installere det på et Windows-computersystem. Ikke kun på grund af hastighedsforbedringerne, men også på grund af dens flere funktioner. Det er dog ikke tilrådeligt for bærbare medier, da de fleste enheder og andre operativsystemer har vanskeligheder eller er direkte ude af stand til at få adgang til NTFS-drev.