Baptistbevægelsens historie følger Amerika nøje med på de største begivenheder, der definerede Amerika som en nation. Kirkens vækst spejles og påvirkes af den oprindelige nybyggeres ankomst, den amerikanske revolutionskrig og borgerkrigen. Ved at spore bevægelsens oprindelse ser man, hvordan forskellene mellem den sydlige konvention og de amerikanske baptister opstod. På trods af forskellene er der stadig mange ligheder mellem de to grene, der dateres tilbage til kirkernes tidlige oprindelse.
Baptistbevægelsens oprindelse er ret kompliceret. Det kan ses som en, der voksede fra protestantisk begyndelse snarere end dannet natten over. Selvom nogle lærde har forsøgt at spore baptisternes oprindelse til bibelske dage, har mange akademikere og kritikere rabat på dette og ser oprindelsen af bevægelsen, der begynder i Storbritannien i det tidlige 1600-tallet. I England i starten af det 17. århundrede var mange kristne utilfredse med Church of England. Dette skyldtes delvis den tilsyneladende romersk-katolske indflydelse fra Church of England (McBeth n.d.). Splitter fra kirken begyndte med, at mange ville vende tilbage til Bibelens enklere lære. Disse kirker blev løst kaldet "Separatister".
To typer Baptist-kirkesamfund kom fra det større organ af separatister. Disse var de generelle baptister, der troede på generel forsoning ved Kristi død, og særlige baptister, der troede, at kun en bestemt gruppe kendt som ”de udvalgte” blev sonet for (McBeth n.d.). Den særlige baptist begyndte at øve nedsænkningsdåb, hvor hele kroppen og hovedet nedsænkes i vand (McBeth n.d.). En praksis, der stadig udføres af baptister i dag og har sin oprindelse fra separatister, der rejste til Holland og var vidne til hollandske Anabaptist-sekter, der døber på en sådan måde. Udtrykket baptist blev, ligesom så mange ting gennem historien, blev anvendt nedsættende. I starten omtalte Baptister sig selv som ”Brødrene” eller ”Brødre af den døbt måde” (McBeth n.d.).
Tidlige baptister i Amerika kom oprindeligt fra England for at undslippe religiøs forfølgelse på omtrent samme måde som andre separatister gjorde. Rodger Williams og John Clarke kan ses som de første baptisterministre, der ankom til Amerika (Baker n.d.). De grundlagde den første baptistkirke i Providence, der snarere kaldes Den første baptistkirke i Amerika i 1638. Kirken i dens tidlige år og baptistbevægelsen som helhed oplevede ikke massiv vækst med hensyn til troende. I 1740 var der omtrent kun 300 til 400 medlemmer i Amerika (Baker n.d.).
I 1755 forekom der imidlertid en stor genoplivning. Dette skyldtes to mænd, især Shubal Steams og Daniel Marshal, som begyndte at prædike iver i de sydlige kolonier og den vestlige grænse. Denne genoplivning gav mønstre for kirkelivet, som sydlige baptister stadig følger indtil i dag (Baker n.d.). På grund af baptisterne, der modsatte sig de offentlige skatter, som støttede visse kirker, nemlig Church of England, og deres doktrin om uafhængighed fra statens indblanding; mange blev aktive patrioter i den amerikanske revolutionskrig i 1775 og tjente tilbedelse af nogle af de grundlæggende fædre såsom George Washington (Baker n.d.).
Fra 1707 til 1814 blev der dannet forskellige baptistorganisationer for at hjælpe med at styrke kirken, dannelse af missionærer og afklaring af læren. Først dannelsen af den generelle missionskonvention i 1814 af andre foreninger blev der dannet et virkelig repræsentativt organ for hele Amerika. Næsten fra starten steg meningsforskellene mellem nord og syd. Sydlige baptister ønskede, at organisationen skulle være en sammenslutning, hvilket betyder, at der er et kirkesamfundsorgan, der fører tilsyn med alle aspekter af kirken, snarere end samfundsmønsteret, der har et separat samfund for hver mission (Baker n.d.). Som det vil ses nedenfor, vil sådanne forskellige meninger og historiske begivenheder, der ville udfolde, dybt påvirke den generelle missionskonvention langs statslinjer.
Som nævnt ovenfor bragte den generelle missionskonvention gamle koloniale forskelle i spidsen. Uanset om det var en vestlig landmand, nordlige forretningsfolk eller sydlige planter, havde hver deres forskellige opfattelse af, hvordan man bedst kunne tjene baptisttroen. Det største spørgsmål af alt var slaveri. Man kunne hævde, at dette direkte afspejlede de fremherskende spændinger før og under borgerkrigen. Sydlige baptister begyndte at støtte herren i det, de opfattede som deres ret til egne slaver og ønskede, at slaveejere skulle få lov til at være missionærer (Graham 2015). Mens slaveri er en plet på menneskeheden, har mange baptisthistorikere haft det hårdt for at minde læserne om, at det kun var et mindretal af baptister, der ejede slaver, men som næsten to tredjedele ejede slaver (Baker n.d.). Baptistmenigheder var generelt sammensat af de lavere økonomiske klasser. Uanset hvilken historisk kendsgerning er det fortsat, at sydlige baptister støttede slaveejere på institutionelt niveau i at håndhæve det, de så som en ret, en moralsk modbydelig ret, men en ikke desto mindre.
Slaveri var ikke den eneste forskel, der forårsagede en rift i ovennævnte konvention. Som nævnt ovenfor fortsatte sydlige baptister med at ønske en stærkere kirkesamfundsenhed uden et middel til at realisere dette behov forårsagede meget debat (Baker n.d.). Disse forskelle forårsagede til sidst dannelsen af den sydlige baptistkonvention den 10. maj 1845. Den sydlige baptistkonvention eksisterer stadig i dag. Faktisk er det den største baptistorganisation på planeten og den største protestantiske organisation i USA med over 15 millioner medlemmer i henhold til den sydlige Baptistkonventions nylige undersøgelse. Det er vigtigt at bemærke, at organisationen ikke længere støtter slaveri og for nylig har forpligtet sig til en holdning til ikke-racisme i hele sine kirker. Dette kan ses i resolutionen fra 1995 med titlen "Opløsning om racemæssig forsoning på 150-årsdagen for den sydlige baptistkonvention" af organisationen, der tog kendskab til sin historie og truffet foranstaltninger til at ændre og forhindre uretfærdighed i fortiden (SBC 1995). Yderligere konferencer er sket, hvor organisationernes svære fortid blev konfronteret, og yderligere diskussion om racisme, seksualitet og religionsfrihed er blevet fremmet i et forsøg på at bekæmpe en reduktion i medlemstallet, især blandt unge voksne (Graham 2015).
Baptisterne i nord blev kendt som amerikanske baptistkirker USA, og mens de stadig deler mange grundlæggende overbevisninger med den sydlige baptistkonvention såvel som baptister generelt. Der findes dog forskelle, og generelt er den sydlige baptistkonvention mere konservativ med hensyn til syn og tilgang. Følgende er en liste over de vigtigste forskelle mellem de to organer:
Denne liste er ikke udtømmende på nogen måde, og forskellige kirker inden for den samme organisation vil have forskellige meninger. Hvad der kan ses i ovenstående artikel, er, hvor tæt baptistkirken er knyttet til amerikansk historie og de værdier, den engang havde og de værdier, den har i dag.