Forskel mellem hierarkisk og helgenomskuddsgeværsekvens

Det vigtigste forskel mellem hierarkisk og hele genom haglgeværsekventering er det i hierarkisk haglgeværsekventering brydes genomet ind i større fragmenter før sekventering, mens hele genomet haglgeværsekventering brydes hele genomet i små fragmenter til sekventering.

Sekventering er en vigtig teknik i molekylære processer, især til nøjagtig identifikation af arter. Det er faktisk teknikken til at identificere den nøjagtige rækkefølge af nukleotider i et gen eller et genom. Der er mange teknikker til sekventering. Nogle af disse inkluderer Maxam Gilbert-metoden, Sanger-metoden og den automatiserede Sanger-metode.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er hierarkisk haglgeværsekventering
3. Hvad er helgenomskudt sekvensbestemmelse
4. Ligheder mellem hierarkisk sekvensering af hagungun med hel genom
5. Sammenligning side ved side - Hierarkisk vs helgenomskuddsgeværsekvens i tabelform
6. Resume

Hvad er hierarkisk haglgeværsekventering?

Hierarkisk Shotgun-sekventering er en metode til sekventering. Det kaldes også 'top-down sequencing'. Yderligere består denne metode af to trin: det første trin er genomamplifikation, og det andet trin er genomfragmentering. Ved denne metode klippes genomet først ind i store fragmenter. Det efterfølges af kloning af disse store fragmenter i forskellige værter under anvendelse af vektorer eller kunstige kromosomer. Derefter arrangeres disse rekombinante vektorer i et bibliotek. Under haglgeværsekventeringen gennemgår de rekombinante vektorkloner sekvensering individuelt. Fragmenterne i klonerne gennemgår restriktionsfordøjelse for yderligere at reducere størrelsen af ​​genomet, hvorved de gennemgår sekvensering.

Figur 01: Hierarkisk haglgeværsekventering

Under hierarkisk haglgeværsekventering skal de store fragmenter af fragmenter arrangeres i rækkefølge inden haglgeværsekventeringen. Det finder sted ved hjælp af de molekylære markører, der er inkorporeret under kloningsprocessen.

Hierarkisk shotgun-sekventering skaber et genkort med lav opløsning. Men det opretter et ordnet sekvenskort. Således tager det en længere varighed end direkte sekventering. Hele processen forsinkes på grund af oprettelsen af ​​et rekombinant vektorbibliotek. Er det også en arbejdskrævende teknik. På nuværende tidspunkt er teknikken imidlertid automatiseret for at lette arbejdet.

Hvad er helgenomskudt sequencing?

Hele genom haglgeværsekventering er en enkelt trins sekvenseringsproces. I denne proces finder hele genomskæringen først sted. Efter dette gennemgår hvert af disse små fragmenter en tilfældig rækkefølge. Efter afslutningen af ​​sekventeringen finder sekvensanalysen sted. Under sekvensanalyse fjernes de overlappende sekvenser, og analysen er ikke en ordnet proces. Derfor er samling af sekvenser en mindre effektiv proces i sammenligning med hierarkisk haglgeværsekventering. Processen med sekvensering af hele genom haglgevær er imidlertid hurtigere, og analysen af ​​hele genomet kan finde sted i et enkelt tilfælde.

Hvad er lighederne mellem hierarkisk og helgenomskuddsrækkefølgen?

• Hierarkisk sekvensering af haglgevær med hel genom er to sekvenseringsmetoder.
• Begge gennemgår Sanger-sekventeringsmetoder eller automatiserede Sanger-sekventeringsmetoder.
• De er involveret i sekventering af DNA- og RNA-fragmenter.
• Derudover er begge metoder vigtige i molekylær diagnostik og forskningsformål.
• På nuværende tidspunkt er begge teknikker automatiserede eller computerbaserede.
• Begge teknikker er afhængige af fragmenteringen af ​​genomet.

Hvad er forskellen mellem hierarkisk og helgenomskudssekvensudvikling?

Hierarkisk haglgeværsekventering genererer fragmenter i større størrelse i sammenligning med fuldgenome haglgeværsekventering, der fungerer med små fragmenter af sekvenser. Så dette er den vigtigste forskel mellem hierarkisk sekvensering af haglgevær for hele genomet. Derudover består den hierarkiske shotgun-sekventering af to større trin, mens helgenom-shotgun-sekventeringen er afhængig af et større trin.

Endvidere er en anden forskel mellem hierarkisk og helgenomskudssekventering, at opløsningen er højere i helgenomskuddsekventering i sammenligning med hierarkisk haglgeværsekvensering.

Nedenstående infografik opsummerer forskellen mellem hierarkisk sekvensering af haglgevær for hele genomet.

Resumé - Hierarkisk vs helgenomskudssekvensudvikling

Hierarkisk sekvensering af haglgevær med hel genom er to teknikker til sekvens af store genomer. Den hierarkiske haglgeværsekvens er en to-trins sekventeringsproces, hvor genomet opdeles i større fragmenter. I modsætning hertil er helgenomskuddets sekventering en enkelt trinsekventering, hvor genomet er opdelt i små fragmenter og direkte sekventeret. Dette er således den vigtigste forskel mellem hierarkisk sekvensering af haglgevær for hele genomet. Derudover kan de tekniske aspekter variere mellem de to teknikker.

Reference:

1. Waterston, Robert H, et al. "Om sekvensering af det menneskelige genom." Forløb fra Det Nationale Akademi for Videnskaber i Amerikas Forenede Stater, Det Nationale Akademi for Videnskaber, 19. marts 2002, tilgængeligt her.
2. Pal, Shital. “Genome Sequencing.” LinkedIn SlideShare, 4. november 2014, tilgængelig her.

Billede høflighed:

1. “Hele genom haglgeværsekventering versus hierarkisk haglgeværsekventering” Af Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - “Computational Biology Methods and their Application to the Comparative Genomics of Endocellular Symbiotic Bacteria of Insects.” Biol. Procedurer Online (2009). Adgang via SpringerImages (CC BY-SA 2.5) via Commons Wikimedia