Forskel mellem sonde og grunning

Nøgleforskel - Probe vs Primer

Den molekylære probe er et lille DNA- eller RNA-fragment, der genkender de komplementære sekvenser i DNA eller RNA og tillader identifikation af målsekvensen. Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-syntese. Primere og prober hybridiserer med de komplementære nukleotider i skabelon-DNA'et eller mål-DNA'et. Den vigtigste forskel mellem sonde og grunning er imidlertid den primere er nødvendige til DNA-replikation, medens sonder er nødvendige til påvisning af specifikke sekvenser i prøven-DNA.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er sonde
3. Hvad er Primer
4. Sammenligning side ved side - Probe vs Primer
5. Resume

Hvad er en sonde?

Probe er et lille fragment af DNA eller RNA, der bruges til at detektere mål-DNA'et eller RNA i prøven ved molekylær hybridisering. De er også kendt som molekylære markører. Længden af sonden kan variere (100 til 1000 baser), og sondnukleotider er komplementære til den del af målsekvensen. For at lette påvisningen er prober mærket med radioaktive isotoper eller med fluorescerende farvestoffer eller antistoffer. Prober binder til de komplementære baser i målsekvensen og afslører tilstedeværelsen af mål-DNA eller RNA i prøven. Der er to hovedmetoder til mærkning af sonder: slutmærkning og nick-oversættelse. Prober kategoriseres i forskellige typer, inklusive DNA-prober, RNA-prober, cDNa-prober og syntetiske oligonukleotidprober, og de fremstilles ved anvendelse af forskellige teknikker.

Prober er vigtige værktøjer i mange mikrobielle og molekylære områder, såsom virologi, retsmedicinsk patologi, faderskabstestning, DNA-fingeraftryk, påvisning af genetiske sygdomme, RFLP, molekylær cytogenetik, in situ hybridisering osv.

Figur 01: Fluorescerende mærket sonde anvendt i FISH til patogenpåvisning

Hvad er en grunning?

Primer er et kort DNA- eller RNA-fragment, der tjener som en initiator til DNA-syntese. DNA-polymeraseenzym tilføjer nucleotider til 3 'OH-gruppen af primersekvens og syntetiserer den nye streng komplementær til skabelon-DNA'et. Primere er meget korte fragmenter med længden på 18 til 20 nukleotider. De syntetiseres kemisk i laboratoriet for in vitro DNA-amplifikation (PCR). Primere kan have en hvilken som helst række af nukleotider, da de er designet af brugeren. De syntetiseres for at matche de komplementære baser i skabelon-DNA'et. Derfor kan det have enhver sekvens af nukleotider. Primere er meget vigtige for DNA-replikation, da DNA-polymerase ikke kan syntetisere nyt DNA uden et forudgående DNA-stykke. Når du designer primerne til PCR, skal følgende ting overvejes:

Primere skal indeholde de komplementære nukleotider til den flankerende ende af det DNA, der ønsker at amplificere.
Primere skal have en smeltetemperatur mellem 55 - 65 ⁰C
G- og C-indhold bør være mellem 50 og 60%.

To primere bruges i PCR som fremad og bagud for at replikere begge strenge af prøven-DNA. Primere bruges ofte til at udføre PCR og DNA-sekventering.

Figur 02: Grundglødning i PCR

Hvad er forskellen mellem Probe og Primer?

Probe vs Primer
Probe er et lille fragment af DNA / RNA, der bruges til at detektere tilstedeværelsen af målsekvensen i en prøve ved molekylær hybridisering.	Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-replikation.
Fungere
Dette detekterer tilstedeværelsen af en specifik sekvens i prøven af DNA eller RNA.	Dette fungerer som udgangspunkt for DNA-syntese.
Længde
Længden kan ligge i intervallet 100 - 1000 baser	Længde er generelt omkring 18 - 20 baser
Binding med komplementær sekvens
Probe hybridiserer med de komplementære baser i målsekvensen	Primer glødes med de komplementære baser af DNA-strengene.
Mærkning
Prober er mærket for let at detektere	Primere er normalt ikke mærket
Brug i PCR
Prober anvendes ikke i PCR	Primere bruges i PCR

Resume - Probe vs Primer

Probe er et lille fragment af DNA eller RNA-sekvens, der kan hybridiseres med komplementære nukleotider for at detektere en målsekvens i prøven. Prober mærkes radioaktivt, immunologisk eller fluorescerende for at se tilstedeværelsen af målsekvens. Primer er et meget lille DNA- eller RNA-fragment, der fungerer som udgangspunkt for in vitro DNA-amplifikation. DNA-polymerase identificerer 3 'OH-gruppeprimer og initierer opbygningen af ny streng komplementær til skabelonen. Prober og primere fungerer på lignende måde ved at hybridisere med komplementære nukleotider. Den vigtigste forskel mellem sonde og grunning er således deres primære funktion.

Reference:
1. ”Primer (molekylærbiologi).” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 2. februar 2017. Web. 1. mar. 2017.
2. ”Hybridiseringssonde.” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 30. december 2016. Web. 1. mar. 2017
3. ”Primer (molekylærbiologi).” Primer (molekylærbiologi) - ScienceDirect-emner. N.p., n.d. Web. 1. mar. 2017

Billede høflighed:
1. “FISH for Bacterial Pathogen Identification” Af Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. “Primers RevComp Melted2” af Richard Wheeler (Zephyris) - Eget arbejde (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia

Videnskab & natur