Forskel mellem shRNA og siRNA

shRNA vs siRNA

Under processen med RNA-interferens (RNAi) bliver ekspression af et målgen slået ned med høj specificitet og selektivitet. RNAi er en naturlig proces, og den involverer lille interfererende RNA (siRNA) og kort hårnål RNA (shRNA) og bi-funktionel shRNA. I øjeblikket er RNAi vidt brugt som et værktøj til personlig kræftbehandling. Anvendelserne af RNAi udføres grundlæggende med de kemisk syntetiserede dobbeltstrengede siRNA- og vektorbaserede shRNA-molekyler. Selvom disse to molekyler har lignende funktionelle resultater, er de forskellige i deres struktur; således er de molekylære virkningsmekanismer, RNA-veje og off-target-effekter af disse to molekyler også forskellige.

shRNA

shRNA er en sekvens af lille RNA-molekyle, der gør en stram hårnågedrej, der kan bruges til at dæmpe et målgenekspression under RNAi. Ekspression af shRNA opnås med en vektor, der enten kan være en virus eller en bakterie eller ved levering af plasmider. De syntetiseres i cellens kerne og transporteres til cytoplasmaet til yderligere processer. Disse molekyler har lignende modningsveje af miRNA; således har syntesen af ​​miRNA givet grundlaget for forståelse af shRNA-syntese. Enten RNA-polymerase II eller III kan transkribere shRNA gennem RNA-polymerase II eller III-promotorer. Fordelen ved brugen af ​​shRNA'er er, at de har relativt lav nedbrydningshastighed og omsætning. Ulempen er, at den har brug for en ekspressionsvektor, som kan forårsage nogle sikkerhedsmæssige problemer.

siRNA

siRNA'er er dobbeltstrengede RNA-molekyler sammensat af 20-25 basepar i længden. Disse bruges til genundertrykkelse ved at dæmpe ethvert gen med komplementær nukleotidsekvens i RNAi-bane. Gennedslag ved transfektion af siRNA er ofte mislykket på grund af den kortvarige effekt; især i celler, der hurtigt deler sig, og undertrykkelsen holder ikke længere. For at overvinde dette problem ændres siRNA ved at introducere en kort hårnålsstruktur. Dette modificerede molekyle kaldes derefter shRNA. shRNA skal konverteres til siRNA af en Dicer for at fortsætte sin normale funktion.

Hvad er forskellen mellem shRNA og siRNA?

• I modsætning til siRNA har shRNA en ekstra hårnålsstruktur. shRNA er en modificeret version af siRNA.

• shRNA kræver en ekspressionsvektor, mens siRNA ikke gør det.

• shRNA kan bruges til langtids knockdown, mens siRNA kun kan bruges til kortvarig knockdown af gener.

• I modsætning til genundertrykkelse af siRNA, er undertrykkelsen af ​​shRNA langvarig, og hvis det indsættes via en passende viral vektor, kan det give permanente gendæmpende effekter.

• Dicer kræves for at konvertere shRNA tilbage til siRNA-molekyle for at udføre dets normale funktioner.