Forskellen mellem SYBR Green og Taqman

Nøgleforskel - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green og Taqman er to metoder, der anvendes til at detektere eller se amplifikationsprocessen i realtid PCR. SYBR Green er en metode baseret på interkalering af nukleinsyrefarvningsfarvestof, mens Taqman er en metode baseret på hydrolysesonde. Begge teknologier er designet til at generere fluorescens under PCR, hvilket tillader realtids PCR-maskine at overvåge reaktionen i "realtid". SYBR-grøn metode udføres ved anvendelse af et fluorescerende farvestof kaldet SYBR-grønt og detekterer amplificeringen ved at binde farvestoffet til produceret dobbeltstrenget DNA. Taqman udføres ved hjælp af dobbeltmærkede sonder og detekterer amplificeringen ved nedbrydning af proben ved Taq-polymerase og frigørelser af fluoroforen. Dette er den vigtigste forskel mellem SYBR Green og Taqman.

INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er SYBR Grøn
3. Hvad er Taqman
4. Sammenligning side ved side - SYBR Green vs Taqman
5. Resume

Hvad er SYBR Green?

SYBR Green er et fluorescerende farvestof, der bruges til at plette nukleinsyrer, især dobbeltstrenget DNA i molekylærbiologi. SYBR Green-metoden bruges til at kvantificere PCR-produkter i realtid PCR. Når det bindes med DNA, absorberer det resulterende DNA-farvestofkompleks blåt lys og udsender intens grønt lys. Det sker på grund af den strukturelle ændring, der forekommer i farvestofmolekylet efter binding med dobbeltstrenget DNA. Når PCR skaber mere og mere DNA, binder flere farvestofmolekyler med DNA, hvilket genererer mere fluorescens. Derfor øges fluorescensen med PCR-produktakkumuleringen. Derfor kan mængden af ​​PCR-produkt måles kvantitativt ved SYBR-grøn fluorescensdetektion.

SYBR-grønt farvestof kan også bruges til DNA-mærkning i cytometri og fluorescerende mikroskopi. Ethidiumbromid er med succes blevet erstattet af SYBR Green, da Ethidium bromid er et kræftfremkaldende farvestof med bortskaffelsesproblemer under DNA-visualisering i gelelektroforese..

Der er fordele og ulemper ved SYBR-grøn metode. Denne metode er meget følsom, billig og let at bruge. På grund af dets evne til at binde til ethvert dobbeltstrenget DNA, kan ikke-specifik binding føre til overkvantificering af PCR-produkt.

Figur 01: SYBR grøn teknik

Hvad er Taqman?

Taqman er en alternativ metode til SYBR Green til at overvåge realtids PCR-proces. Denne metode afhænger af Taq-polymerase-enzymets 5 '- 3'-eksonukleaseaktivitet for at nedbryde proberne under forlængelsen af ​​den nye streng og frigivelse af fluorophore. Dobbeltmærkede sonder anvendes i denne metode, og det er baseret på hydrolyse af sonder. Prober er fluorescerende mærkede DNA-oligonukleotider, der har et fluorescerende reportermolekyle (fluorophore) i 5'-enden og et quencher-molekyle i 3'-enden. De er designet til at binde til den enkeltstrengede skabelon på den modsatte side af grunderglødene. Taq-polymerase tilføjer nukleotider til primeren og strækker den nye streng mod de dobbeltmærkede prober. Når Taq-polymerasen møder proben, aktiveres og nedbrydes proben af ​​Taq-polymerasen. Når den er afsluttet syntese af den nye streng, udsættes sonden for fuldstændig nedbrydning og frigiver fluoroforen. Frigivelsen af ​​fluorophore genererer fluorescens. Fluorescerende quencher-molekyle slukker effektivt det udsendte lys og skaber output til kvantificering af PCR-produktet. Frigivelsen af ​​fluoroforer og mængden af ​​PCR-produkter er proportional. Derfor kan kvantificering let udføres ved Taqman-metoden.

Figur 02: Taqman-metode

Taqman-metoden anvendes i realtid PCR, kvantificering af genekspression, påvisning af genetiske polymorfismer, kvantificering af kromosomal DNA-deletioner, bakteriel identifikation, verifikation af mikroarray-analyse, SNP-genotype osv..

Hvad er forskellen mellem SYBR grøn og Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green er baseret på DNA-bindende farvestof.	Taqman er afhængige af hybridiseringsprober og 5 'til 3' exonuclease-aktivitet af Taq-polymerase.
Fluorescerende mærkede sonder
Ingen fluorescerende mærkede sonder er ikke påkrævet.	Dobbeltmærkede sonder er påkrævet.
Multiplex genanalyse
Det kan ikke bruges til multiplexgenmål.	Det kan bruges til multiplexgenmål.
Koste
Dette er billigere.	Dette er dyrere.
Specificitet
Dette er mindre specifikt og binder til enhver dobbeltstrenget DNA	Disse er meget specifikke, da prober detekterer de specifikke amplificeringsprodukter.
Effektivitet
Dette er mindre effektivt.	Dette er yderst effektivt.
Ansøgning
Dette bruges i realtid PCR, agarosegelvisualisering, DNA-mærkning osv.	Dette bruges i realtid PCR, kvantificering af genekspression, påvisning af genetiske polymorfismer osv.

Resume - SYBR Green og Taqman

Taqman og SYBR green er to metoder, der anvendes i realtid PCR (kvantitativ PCR). Begge metoder muliggør kvantificering af PCR-produktet effektivt og er afhængige af emissionen af ​​fluorescensen. Taqman-metoden bruger dobbeltmærkede sonder til detektion af det akkumulerede DNA, mens SYBR Green-metoden anvender et fluorescerende farvestof. Begge disse metoder har også forskellige anvendelser inden for molekylærbiologi.

Reference:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour og Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Sammenligning af SYBR-grønne og TaqMan-metoder i kvantitativ realtids-polymerasekædereaktionsanalyse af fire adenosinreceptorundertyper." Avanceret biomedicinsk forskning. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13. mar. 2017.
2. "Real-time PCR-grundlæggende principper." Realtid PCR, kvantitativ (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13. mar. 2017.
3. "SYBR grønne og andre realtids PCR-farvestoffer." Biocompare. N. 5. april 2010. Web. 14. mar. 2017

Billede høflighed:
1. “PCR med SYBR grøn” Af -Ygonaar 23:09, 7 marts 2006 (UTC) - Det er en graf oprettet af Ygonaar med Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619.528
2. “Taqman” Af bruger: Braindamaged - Eget arbejde (Public Domain) via Commons Wikimedia