Forskel mellem VNTR og STR

Nøgleforskel - VNTR vs STR

DNA-undersøgelser har stor nytte af at forstå og bestemme fylogenetiske forhold, diagnosticere genetiske sygdomme og kortlægge organismernes genomer. Flere teknikker forbundet med DNA-analyse anvendes til identifikation af et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pool af ukendt DNA. De er kendt som genetiske markører. Genetiske markører bruges i molekylærbiologi til at identificere genetisk variation mellem individer og arter. Variant antal tandem gentagelse (VNTR) og kort tandem gentagelse (STR) er to typer af genetiske markører, der viser polymorfisme blandt individer. Begge typer er ikke-kodende repetitivt DNA, som er tandem gentagelser. De er arrangeret på en skræddersyet måde i kromosomer. VNTR er et afsnit af genomet, hvor kort nukleotidsekvens gentages flere gange. STR er en anden sektion af DNA i genomet, der er organiseret som gentagne enheder bestående af to til tretten nucleotider i hundrede gange. Nøgleforskellen mellem VNTR og STR er antallet af nukleotider i en gentagende sekvens. Gentagende enheder af VNTR består af 10 til 100 nukleotider, mens gentagende enhed af STR består af 2 til 13 nukleotider. VNTR og STR bruges vidt i retsmedicinske undersøgelser.

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er VNTR
3. Hvad er STR
4. Ligheder mellem VNTR og STR
5. Sammenligning side ved side - VNTR vs STR i tabelform
6. Resume

Hvad er VNTR?

En tandem-gentagelse er en kort sekvens af DNA, der gentages fra hoved til halemode på et specifikt kromosomalt lokus. Der er ingen anden sekvens eller nukleotid inden for tandem-gentagelse. Der er flere typer tandem-gentagelser i genomet. VNTR er en type tandem-gentagelse blandt dem, der har gentagne enheder, der består af 10 til 100 nukleotider. VNTR er en type minisatellite. Disse tandem-gentagelser findes i mange kromosomer. De er adskilt i det humane genom og er overvejende beliggende i de subelomere regioner af kromosomer.

VNTR'er viser tandem gentagen polymorfisme blandt individer. Længden af VNTR på en bestemt placering af kromosomet er meget variabel blandt individer på grund af variationen i antallet af gentagne enheder organiseret i det DNA-afsnit. Derfor kan VNTR bruges som et kraftfuldt værktøj til identifikation af individer, og VNTR-analyse bruges på mange områder, herunder genetik, biologisk forskning, forensik og DNA-fingeraftryk. VNTR'er var de første genetiske markører, der blev brugt til at kvantificere knoglemarvstransplantation. VNTR'er var også de første polymorfe markører anvendt til DNA-profilering i retsmedicin.

Figur 01: Variation af VNTR'er i seks individer

VNTR-analyse udføres via restriktionsfragmentlængdepolymorfisme efterfulgt af sydlig hybridisering. Derfor har det brug for en stor DNA-prøve. VNTR-profilfortolkning er også problematisk. På grund af disse begrænsninger er brugen af VNTR i retsmedicinsk genetik blevet begrænset, og den erstattes af STR-analyse.

Hvad er STR?

STR er en meget gentagen DNA-sektion, der består af to til tretten nukleotid-gentagende enheder organiseret på en tandem måde. STR ligner VNTR. Men det varierer fra VNTR fra antallet af nukleotider i en gentagende sekvens og antallet af gentagelser. STR er en type mikrosatellit.

STR-analyse involveret i måling af det nøjagtige antal gentagne enheder. STR'er er meget varierende blandt individer, der ligner VNT'er. STR-profiler adskiller sig fra person til person. Derfor anvendes STR-analyse i molekylærbiologi til at sammenligne specifikke loci på DNA fra to eller flere prøver. Derfor betragtes STR'er som kraftfulde genetiske markører inden for molekylærbiologi. Det giver et fremragende værktøj til identifikation af individer på grund af deres høje grad af polymorfisme og relativt kort længde.

På nuværende tidspunkt er STR'er det mest almindeligt anvendte analyserede genetiske polymorfisme-værktøj inden for retsmedicinsk genetik. De fleste retsmedicinske casework involverer STR polymorf analyse. STR loci er spredt over genomet. Der er tusinder af STR'er placeret i kromosomer, som kan bruges i retsmedicinsk analyse. STR-analyse involverer ikke restriktionslængde-polymorfisme som VNTR-analyse. STR-analyse skærer ikke DNA med restriktionsenzymer. Specifikke sonder anvendes til at binde ønskede regioner på DNA og ved anvendelse af PCR-teknik bestemmes længderne af STR.

Figur 02: STR-variation mellem prøver

Hvad er ligheden mellem VNTR og STR?

VNTR og STR er ikke-kodende DNA.
Begge er tandem gentagelser.
Begge viser polymorfisme blandt individer på grund af forskellen i længden af DNA-sektionen.
Begge anvendes som kraftfulde genetiske markører i DNA-fingeraftryk og i retsmedicinske undersøgelser.

Hvad er forskellen mellem VNTR og STR?

VNTR vs STR
VNTR er et ikke-kodende repetitivt DNA, som har en kort nukleotidsekvens gentaget på en tandem måde.	STR er en meget gentagen DNA-sektion, der består af to til tretten nukleotid-gentagende enheder organiseret på en tandem måde.
Størrelse
VNTR’er er større end STR’er.	STR'er er mindre end VNTR'er.
Antal nukleotider i gentagen rækkefølge
Den gentagne enhed af VNTR består af 10 til 100 nukleotider.	Den gentagne enhed af STR består af 2 til 13 nukleotider.

Resume - VNTR vs STR

VNTR og STR er to kraftfulde genetiske markører, der bruges i molekylærbiologi, især inden for retsmedicinsk genetik. VNTR er en type minisatellit, og STR er en mikrosatellit. VNTR og STR er ikke-kodende, meget gentagne DNA. Det er tandem gentagelser. Den generelle struktur for VNTR og STR er den samme. Antallet af nukleotider i den gentagne sekvens og længden er imidlertid forskelligt. VNTR har gentagne sekvenser, der består af 10 til 100 nukleotider. STR har gentagne sekvenser bestående af 2 til 13 nukleotider. Dette er forskellen mellem VNTR og STR.

Download PDF-version af VNTR vs STR

Du kan downloade PDF-version af denne artikel og bruge den til offline-formål som angivet citatnotater. Download PDF-version her Forskel mellem VNTR og STR.

Referencer:

1. "Videnskaben om retsmedicinsk genetik." CRG - Rådet for ansvarlig genetik. N.p., n.d. Web. Tilgængelig her. 10. juli 2017.
2. “STR-analyse.” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 22. marts 2017. Web. Tilgængelig her. 10. juli 2017.

Billede høflighed:

1. “D1S80Demo” Af PaleWhaleGail på engelsk Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia

Videnskab & natur