I fortiden, archaea blev klassificeret som bakterie og blev kaldt archaebacteria. Men det blev opdaget, at archaea har en tydelig evolutionær historie og biokemi sammenlignet med
Indtil midten af det 20. århundrede klassificerede biologer alle levende ting som enten en plante eller et dyr. Men dette system kunne ikke rumme svampe, protister og bakterier. Så i 1970'erne udviklede klassificeringssystemet sig til det, der blev kendt som Five Kingdoms - prokaryoter (bakterier) og eukaryoter (planter, dyr, svampe, protister). Eukaryoter er kendetegnet ved tilstedeværelsen af kerner, cytoskeletter og indre membraner i deres celler.
I slutningen af 1970'erne identificerede Dr. Carl Woese og hans kolleger ved University of Illinois en gruppe mikroorganismer, hvis genetiske sammensætning var meget forskellig fra andre bakterier. Så de delte prokaryot liv i det, de kaldte archaeabacteria og eubakterier. Imidlertid konkluderede de senere, at "archaeabacteria" var tilstrækkeligt forskellige til, at de slet ikke var bakterier. Så grupperne blev omdøbt til archaea og bakterie.
Livets træ viser klassificering af alle levende organismer.Både archaea og eubacteria er ens i form og størrelse. De findes begge forekommende som stænger, cocci, spiraler, plader eller opviklet.
Den generelle cellestruktur for archaea og bakterier er den samme, men sammensætning og organisering af nogle strukturer er forskellige i archaea. I lighed med bakterier har archaea ikke indvendige membraner, men begge har en cellevæg og bruger flagella til at svømme.
Archaea adskiller sig i det faktum, at deres cellevæg ikke indeholder peptidoglycan, og cellemembran bruger etherbundne lipider i modsætning til esterbindede lipider i bakterier.
Archaea flagella udviklede sig fra bakterie type IV pili, mens bakteriel flagella udviklede sig fra type III sekretionssystem. Bakteriel flagellum er som en stilk, der er hul og samles af underenheder, der er frie til at bevæge sig op i den centrale pore og tilføje til spidsen af flagella, mens der i archaea føjes underordnede underenheder til basen.
Archaea reproducere aseksuelt ved processen med binær fission, spiring og fragmentering. eubakterier reproducere aseksuelt gennem binær fission, spiring, fragmentering, men eubakterier har den unikke evne til at danne sporer for at forblive sovende over år, en egenskab, som ikke er udstillet af Archaea. Bakterievækst følger i tre faser, forsinkelsesfasen, når celler tilpasser sig nyt miljø, logfasemarkering af eksponentiel vækst og stationær fase, når næringsstoffer bliver udtømt.
Archaea kan overleve i ekstreme og barske miljøer som varme kilder, saltsøer, myrområder, oceaner, drøvtyggere og mennesker. eubakterier er allestedsnærværende og findes i jord, varme kilder, radioaktivt spildevand, jordskorpe, organisk stof, organer af planter og dyr osv..