Forskellen mellem SDS-side og indfødt side

Nøgleforskel - SDS-side vs indfødt Side
 

SDS og native side er to typer polyacrylamidgelelektroforeseteknikker, der anvendes i molekylærbiologi. Det vigtigste forskel mellem SDS Page og Native Page er den type polyacrylamidgel, der bruges. På SDS-side bruges derfor en denaturerende gel, molekyler adskilles baseret på deres molekylvægt. I modsætning hertil bruges ikke-denaturerende geler i Native Page. Derfor separeres molekyler baseret på deres størrelse, ladning og form.

Polyacrylamid-gelelektroforese (side) bruger en gel fremstillet ved at polymerisere acrylamidmonomerer med methylen-bisacrylamid. Polyacrylamidet er hårdere og mere varmestabil end agarose. Polyacrylamidgelerne har en mindre porestørrelse, der muliggør effektiv adskillelse af proteiner. Der er to hovedtyper af sideopsætninger, nemlig SDS Page og Native Page. SDS-side eller Natrium-dodecylsulfat polyacrylamidgelelektroforese adskiller proteiner baseret på deres molekylvægt. Denaturerende geler bruges på SDS-side. Native Page bruger ikke-denaturerende geler og adskiller proteiner baseret på deres størrelse, ladning og form (3D-konformation).

INDHOLD

1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er SDS-side
3. Hvad er indfødt side
4. Ligheder mellem SDS-side og indfødt side
5. Sammenligning side ved side - SDS-side mod indfødt side i tabelform
6. Resume

Hvad er SDS-side?

SDS-side er den mest almindelige elektroforetiske teknik, der bruges til at adskille proteiner baseret på deres molekylvægt. Gelen fremstilles ved at tilsætte SDS (Sodium dodecyl sulfat), som er et detergent. SDS proteser proteiner i monomerer. SDS er et anionisk vaskemiddel. Derfor tilføjer det en netto negativ ladning til proteinerne inden for et bredt pH-område. Når den netto negative ladning overføres til proteinmolekylerne, på grund af ladningsvariationen, nedbrydes de komplekse strukturer. På grund af den negative ladning tiltrækker proteiner mod den positive ende. Molekyler med lavere molekylvægt bevæger sig således hurtigere på gelmatrixen og kan observeres tæt på anoden, mens proteiner med højere molekylvægt observeres tættere på brøndene.

Figur 01: SDS-side

SDS-bindingen til polypeptidkæden er proportional med dens relative molekylmasse. Derfor kan molekylmassen også bestemmes via SDS-side. Farvningen af ​​SDS-sidegeler udføres ved bromophenolblå farvning. Anvendelser af SDS-side spænder i større udstrækning, hvor det kan bruges til at estimere den relative molekylmasse og til at bestemme den relative mængde af proteiner i en proteinblanding. SDS-side kan også bruges til at bestemme proteinfordelingen i en blanding af proteiner. SDS-side anvendes også til oprensning og vurdering af proteiner. Det bruges som en indledende procedure til westernblotting og hybridisering, som igen bruges til proteinkortlægning og identifikation.

Hvad er indfødt side?

Native Polyacrylamide gelelektroforese (Native Page) bruger en ikke - denaturerende gel. Derfor sættes SDS eller ethvert andet denatureringsmiddel ikke til gelmatrixen. I Native Page er separationen af ​​proteiner baseret på proteinets ladning og størrelse. Derfor afhænger proteinets mobilitet af opladningen og størrelsen af ​​proteinet.

Proteinets ladning afhænger af aminosyrernes sidekæder. Hvis sidekæderne er negativt ladede, får proteinet en samlet negativ ladning og vice versa. Proteiner bevarer en 3D-konformation på grund af den foldning, der finder sted. Sammenfaldende resultater fra de forskellige bindingstyper i proteiner, såsom disulfidbindinger, hydrofobe interaktioner og brintbindinger. Derfor, hvis den oprindelige side bæres ved en neutral pH, separeres proteinerne i henhold til proteinets molekylære form. Derfor kan Native Page bruges som en følsom teknik til at detektere ændringen i opladning eller konformation af proteinet.

Den største fordel ved nativ side er, at proteinet, der bruges til Page-analysen, kan udvindes i sin oprindelige tilstand efter Page-analysen, da proteinet ikke forstyrres under processen. Native Page er en relativt høj gennemløbsteknik, og proteinets stabilitet øges.

Figur 02: Indfødt side

Efter afslutningen af ​​gelkøringen kan Native Page-gelen ses ved farvning med bromophenolblå eller et hvilket som helst andet passende farvningsreagens. Anvendelserne af Native Page inkluderer adskillelse af sure proteiner inklusive glycoproteiner, såsom human rekombinant erythropoietin eller identifikation af proteiner, der er til stede i bovint serumalbumin (BSA).

Hvad er ligheden mellem SDS-side og indfødt side?

• Både SDS Page og Native Page systemer bruger polyacrylamidgel som gelmatrix.
• Begge anvendes til separering og identifikation af proteiner.
• Begge bruger elektroforetisk mobilitet til at adskille forbindelserne.
• Begge kan udføres lodret eller vandret (for det meste udføres som lodrette sideopsætninger, fordi kørelængden er mere).
• Elektroforeseapparatet inklusive gel-tanken, kæmper, strømforsyningen er påkrævet til drift af begge teknikker.
• Visualiseringen af ​​gelen kan udføres ved farvningsmetoder i begge teknikker.

Hvad er forskellen mellem SDS-side og indfødt side?

SDS-side vs indfødt side
SDS-side eller Sodium-dodecylsulfat-side adskiller proteiner baseret på deres molekylvægt, og den bruger en denaturerende gel.	Native Page bruger ikke-denaturerende geler og adskiller proteiner baseret på deres størrelse, ladning og form (3D-konformation).
Gel type
En denaturerende gel anvendes på SDS-siden.	En ikke-denaturerende gel bruges på den oprindelige side.
Tilstedeværelse af SDS
SDS er til stede som et vaskemiddel for at overføre en negativ ladning på prøven på SDS-siden.	SDS findes ikke på den oprindelige side.
Adskillelsesgrundlag
Adskillelse af proteiner afhænger af molekylvægten af ​​proteinet på SDS-siden.	Adskillelse afhænger af størrelsen og formen på proteinmolekylet på den oprindelige side.
Proteinets stabilitet
Stabiliteten af ​​proteinet er lav på SDS-siden.	Stabiliteten af ​​protein er høj på den oprindelige side.
Gendannelse af det originale protein
Ikke muligt, da det denatureres på SDS-siden.	Muligt på den oprindelige side.

Resumé - SDS-side vs indfødt Side

SDS-side og indfødt side er to typer polyacrylamidgelelektroforeseteknikker, der bruges til at adskille proteiner. SDS Side behandles med et vaskemiddel kaldet SDS. SDS overfører en samlet negativ ladning til proteinet, hvilket derefter resulterer i denaturering af proteinet. Derfor separeres proteinerne baseret på deres molekylvægt. I modsætning hertil bruger Native Page-teknikken ikke noget denatureringsmiddel. Således separeres proteinerne baseret på deres størrelse eller form. Dette er forskellen mellem SDS-side og oprindelig side.

Reference:

1. "Princippet og metoden for polyacrylamidgelelektroforese (SDS-PAGE)." Princippet og metoden for polyacrylamidgelelektroforese (SDS-PAGE) | MBL Life Sience -ASIA-. Tilgængelig her
2. “Native Gels.” Alliance Protein Laboratories | Biofysiske karakteriseringstjenester. Tilgængelig her  

Billede høflighed:

1.'SDS-PAGE Electrophoresis'By Bensaccount på engelsk Wikipedia, (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia  
2.'Læg en prøve i en polyacrylamidgelelektroforese-brønd'By Blaz Nemec fra Ljubljana, Slovenien (CC BY-SA 2.0) via Commons Wikimedia